为了打倒武斗道馆的道馆训练家藤树，小智等人还在继续修行。为了锻链自己，寻找罕见的神奇宝贝，他们沿着没有名字的河川溯流而上。一行人在小沼泽遇到了沼鱼神奇宝贝水跃鱼，并认识了沼泽的主人，沼爷爷。原来这地方是初学者用的水跃鱼的孵化与培育地。以成为饲育家的小刚自然对这地方深感兴趣。然而，想将水跃鱼一网打尽的火箭队出现了！由於控制水量的装置被破坏，水跃鱼们眼看着就要被流入沼泽的大量的水流给冲走了！
到底，小智等人要怎样面对这个危机呢？他们能不能成功保护这些水跃鱼呢？
ag#301「狡猾天狗族的袭击」
在某个洞窟做修行的小智等人，不小心激怒了在洞窟睡觉的大声神奇宝贝吼爆弹。在急於逃离吼爆弹追打的情况下，小智等人居然与皮卡丘他们走失了。而此时，勉强逃到外面的皮卡丘等神奇宝贝也拼命的想寻找小智。神奇宝贝们虽然受伤了，还是以出去远足的心情往森林前进。但是，突然的，四周响起奇特的草笛声。皮卡丘他们像中了催眠术一样，开始在同样的地方打转起来。
神奇宝贝们的身上是出什麽事了!还有，这个吹草笛的，到底是谁
ag#302「火岩队对抗水舰队,秘密基地的战斗!」
以突破武斗道馆为目标，而持续修行的小智等人，在某个洞窟里面发现了少年和辉的秘密基地。和辉生气想赶跑小智等人。在旁偷窥的火箭队想篡夺和辉的秘密基地，却突然出现神秘的一队人马，火岩队，占据了这个基地。火岩队在秘密基地内开始挖洞，挖到很深的地方时，火箭队看火岩队的情况，认定此地必有宝物，遂在後头紧跟上来。而从和辉口中得知详情的小智等人，为了抢回洞窟，又折返回来…
ag#303「狩猎凤蝶与毒粉蝶!进化之後!」
小智等人今天依然在武斗岛努力修行。企图抢走一伙人的神奇宝贝的火箭队，又跑来闹事。在格斗中，小遥的「蛹神奇宝贝」甲壳蛹进化成「蝴蝶神奇宝贝」狩猎凤蝶了!!其进化令小遥高兴极了。然而，火箭队的武藏却不高兴极了。因为她所疼爱的蛹神奇宝贝盾甲茧一点要进化的迹象也没有。败给小智等人之後，武藏也燃起了竞争意识，对盾甲茧展开特训，偏偏盾甲茧实力太强，火箭队的人所拥有的神奇宝贝根本不是它的对手。为了让重要的盾甲茧进化，武藏只好寻找厉害的神奇宝贝来磨练，以再度向小智等人挑战…。
ag#304「勾魂眼的惊奇」
今天小智等人依然在武斗岛继续修行。个性火爆的问题专家，龙虾小兵的行为使大家有点头痛。小智想训练龙虾小兵的合作精神，决定到废弃的金矿里去玩试胆游戏。他想吓吓龙虾小兵，使它乖一点。扮演鬼怪的小遥与小胜埋伏在金矿中，龙虾小兵不知情的进去了…。另一方面，火箭队为了寻宝来到金矿里面，受到眼光发亮的某个东西的攻击!!那是真正的妖怪吗小遥与龙虾小兵的命运将会如何呢
ag#305「格斗少女与玛沙那!暴风雨之中!!」
为了再次挑战武斗道馆的道馆训练家藤树而持续修行的小智等人，遇到自称藤树头号弟子的格斗少女小忍的挑战!!虽然她自称是头号大弟子，但是如同过去的小智，小忍只是一昧的使出力量来猛攻。相较於小忍，经过修行的小智在化解攻势时就显得很稳重。但是，藤树却突然插进来为决斗喊停。原来他是来提醒一行人，台风已经来到附近了。在天气越来越恶劣的情况下，大夥儿勉强逃避到附近的洞窟。在这时候，藤树的一番告白，「面对强大的力量，不要勉强出头，想法子渡过去也是很重要的」听到藤树这番话，小忍回顾自己的战斗方式，似乎有所领会的样子…
ag#306「武斗道馆再战!乘浪的战斗场地!」
为了再度挑战武斗道馆，而不断修行的小智，终於要向道馆训练家藤树做复仇战了。可是在藤树的秘密练习场的战斗，攻守状况却和上次的对战颠倒过来…。面对藤树猛发攻势的神奇宝贝，小智发挥了修行的成果，在轻松闪躲中慎重地寻找机会。藤树的神奇宝贝果然因为不断发出攻击，很快就喘不过气来了。任谁来看都会觉得小智占了上风，但是，小刚却有不同的看法。小刚在藤树这宛如故意制造机会给小智的战斗中，感到隐隐约约的不安…。
ag#307「弃船!悄悄靠近的影子」
小智一行人结束武斗道馆的复仇战，为了小遥即将参加的神奇宝贝华丽大赛，而搭船前往大会场地的凯那市。由於火箭队设下的圈套，船遇难了。小智等人顺水飘流，最後遇上了气氛阴森的触礁的弃船。在那里，一行人结识了来调查弃船的广海，一同休息了一段时间。这期间，火雉鸡突然不见了!一行人不加思索，到处搜索，没多久，小胜与小遥也不见了。小智等人感受到危机，提高了警觉，可是…
ag#308「小遥的劲敌!特训!神奇宝贝华丽大赛!」
小遥来到凯那市，马上就以神奇宝贝华丽大赛的优胜为目标，和蝴蝶神奇宝贝的狩猎凤蝶展开了特训。特训中，小遥遇到了也想拿到大赛优胜的少年，神奇宝贝协调家，瞬。小遥与瞬之间燃起了激烈的竞争意识，又跟小智等人展开更激烈的特训。烟火工匠毕希见到这个情况，告诉小遥，有个果实吃了可以让参赛的神奇宝贝拥有更有利的条件。为了分得一些果实，小遥等人来到毕希的仓库，可是在那里只见到将果实完全吃光的火稚鸡。小遥等人得知这个果实是毕希今夜放神奇宝贝烟火的制作材料，深感自责，於是决定到森林去寻找果实来还给毕希先生。
ag#309「最初拿到的神奇宝贝，大混乱」
为了得到神奇宝贝华丽大赛的优胜，小遥将火稚鸡交给小智等人保馆，自己与授猎凤蝶离开去练习。此时小智等人又受乔伊小姐所托，帮忙照顾三只神奇宝贝做健康检查，因为不久之後，即将成为神奇宝贝训练的小孩会过来领取。做完健康检查後，乔伊小姐又托小智等人保管这些神奇宝贝。可是，其中有只活泼不听话的火稚鸡一直想逃跑。为了抓这只火稚鸡，小智拿出龙虾小兵战斗。没想到战斗中，火稚鸡意外进化成力壮鸡了。小智等人无计可施，偷偷拿小遥的火稚鸡来顶替，但是…
ag#310「小遥!初次挑战神奇宝贝华丽大赛!」
神奇宝贝华丽大赛举办的日子，会场人潮汹涌，热闹极了。身处其中的小遥，在休息室内一直紧张得无法冷静。第一次审查的主题是魅力演技。在神奇宝贝展现的多彩多姿的绝招中，劲敌瞬的「荆棘」毒蔷薇得到了高分。然後终於轮到小遥跟狩猎凤蝶上场了。狩猎凤蝶拿出为了这一天努力练习已久的绝招，银色之风，成功进入了第二次审查。接下来的审查是只靠美丽还不够，必须以实力获胜的华丽战斗。小遥的对战对手是瞬。这场战斗到底会谁胜谁负呢
ag#311「保护海之博物馆，火岩队的袭击!」
神奇宝贝华丽大赛告一段落，小智等人在凯那市停留了最後一天。小遥与小刚到市区买东西，小智与小胜和皮卡丘决定到海之博物馆参观。很不凑巧，博物馆刚好休馆。小智等人偶遇库斯诺吉馆长，并被带入馆内参观。在那里，小智等人看到了罕见的烧焦的神秘岩石。此时出现了企图夺走博物馆展示品的火箭队，将小智等人关进牢笼内。而，比他们更早一步潜入馆内的火岩队又跟火箭队发生冲突。两派人马为了宝物，突然展开了战斗…
ag#312「美女与野兽狡滑天狗和乔伊小姐」
小智等人向着紫市一路旅行，来到山路旁的神奇宝贝中心。但是，里面却一个人也没有。最後面的房间一片凌乱，地板上还有残馀的睡眠粉。小智等人觉得出事了，赶快查看监视器的录影带。出乎意料的看到邪恶神奇宝贝，狡滑天狗将乔伊小姐掳走的画面。一行人为了救出乔伊小姐，赶往狡滑天狗居住的大树。可是一路上却遇到草系神奇宝贝们的阻挠。这时候，乔伊小姐在大树中醒来，注意到旁边有一只睡着的长鼻叶…
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#313(ag#38)「正电拍拍与负电拍拍，山上的灯塔」
以紫堇市为目的地而前进的小智等人，在浓雾的山路中行走着。听说山中有个村子，在那里，有着被当成路标的灯塔。小智等人遇到了守护灯塔的「光之石」的正电拍拍与负电拍拍，其主人和智见到小智的打扮，认定他就是村子传说中的勇者。和智完全没有战斗经验，他带着加油神奇宝贝跟随自己崇拜的小智一起练习。谁知火箭队却跑来捣蛋，抢走了光之石与皮卡丘…。
#314(ag#39)「唱歌！神奇宝贝戏法屋！」
前往紫市的途中，小智等人来到了某个城镇。一行人在那里认识了带着「呢喃神奇宝贝」咕妞妞的明菜，决定一起参加即将举办的「戏法屋大赛」。克服戏法大王设下的机关，获得优胜的人将可以得到一年份的能量方块！一行人以优胜为目标，努力向终点前进，先是迷宫，後是过独木桥、地洞陷阱等等，後来连拿着麦克风的胖丁也来捣乱。大赛的优胜者到底会是谁呢？
#315(ag#40)「紫道馆，铁旋的电击战斗」
抵达紫市的小智等人，为了得到第三个徽章来到紫道馆。一入道馆，突然冒出雷公机器人，与皮卡丘发生了战斗。後来，小智与现身的道馆训练家，铁旋做道馆挑战赛。竟然一下子就打赢了。然而过了不久，皮卡丘的情况马上变不对劲。带去神奇宝贝中心疹疗後，才知道皮卡丘在与雷公战斗的过程中，吸收了过多的电力，所以挑战时出招的威力才会那麽大…
#316(ag#41)「木守宫的新绝招，西瓜田的种子机关枪」
小智等人结束了在紫市的道馆赛，为了让小遥参加神奇宝贝华丽大赛，而决定前往秋叶镇。一行人途中发现河面有西瓜漂过来，於是把西瓜捞过来吃了。这时少女纳奇出现了。她误以为小智等人是偷西瓜的小偷，命令熔岩虫与森林蜥蜴攻击小智。後来一行人解开了误会，被邀请到纳奇的西瓜田去。在那里，小智与纳奇以西瓜田旁边的战斗场地，展开了一场双打比赛。比赛进行中，想偷走西瓜的火箭队出现了….
#317(ag#42)「电萤虫与甜甜萤，爱的舞蹈」
小智等人来到了远遥湖畔的一个城镇。由於那里即将举办庆典，罗密欧带着电萤虫，茱丽叶带着甜甜萤，努力的做舞蹈练习。可是罗密欧对电萤虫下错指示，在小智等人面前出了洋相……细问之下，才知道罗密欧与电萤虫都喜欢上了茱丽叶与甜甜萤，因为太在意舞蹈的对方，而拿不出平常的实力。於是小智等人决定帮助罗密欧与电萤虫…
#318(ag#43)「飞吧宝贝龙！迎向明天！」
小智等人向着秋叶镇的方向前进，在悬崖斜面上的山路行走。在那里，一行人遇到了崖上跳下来的石头神奇宝贝，宝贝龙。小智认识了宝贝龙的主人米雪儿，得知宝贝龙想要飞翔的心愿…。由於宝贝龙进化成暴蝾螈之後就可以飞行，於是小智等人为了让宝贝龙早日进化，决定与其对战。可是比赛中，火箭队又跑出来，宝宝贝龙带走了。宝贝龙命运将会如何它能够不经由进化而飞行吗
#319(ag#44)「小霞登场!波克比与梦幻王国!」
小智等人向着秋叶镇前进，与睽违已久的小霞跟波克比，约定在途中的沙漠绿洲碰面。小霞接受绿洲的饭店邀请，要去参加那里举办的波克比庆典。但是去被伪装成执行委员的火箭队所骗，使得波克比被绑架到叫做米拉祖的国度去。波克米似乎是拉祖王国决定王位时必需用到的神奇宝贝。小智等人随後追上，遇到想利用波克比来登上王位的摄政韩佐，而发生一场战斗…。
#320(ag#45)「海市蜃楼的另一边波克比的乐园」
韩佐企图成为米拉祖王国下任国王，设下陷阱，引来了小霞与小智到宫殿。幸好被偶然认识的莎拉公主所救，正要与波克比一起逃脱到国外。但是韩佐的铁面忍者与脱壳忍者却突然来袭，将波克比强行夺走。韩佐奸计得逞成为国王後，还想利用波克比，到海市蜃楼另一头的波克比乐园，企图释放出被封印起来的危险力量。但是……
#321ag#46「战斗家庭四比四」
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，途中存粮用尽，饿着肚子在荒野中流浪。此时搭救他们的，是在荒野中开垦的连胜家族。听说这个家的长子良平，也是为了成为神奇宝贝联盟的冠军而在外面旅行。一家人突然对小智等人提出四比四的挑战。与这个好战家族的比赛，结果将是如何呢
#322(ag#47)「向尾喵与芳香疗法」
小智一行人向着秋叶镇的方向继续旅行，途中在草丛发现一只精力旺盛的向尾喵。小智等人虽然不知道向尾喵虚弱的原因，但还是在看过芳香疗法书籍的小刚建议下，带着向尾喵前往研究神奇宝贝芳香疗法的「绿色之馆」。向尾喵经过馆内工作人员亚里莎的芳香治疗，果然恢复了元气。接着，小遥为了收服向尾喵正打算打一场的时候，火箭队的人又跑出来，把馆内的香水抢走。
#323(ag#48)「猫鼬斩对抗饭匙蛇，宿敌大对决」
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，与曾经在某个森林认识的短裤少年阿奇重逢。阿奇自从上次跟小智告别後，也到橙华道馆挑战过。因为挑战失败的关系，现在正在这个森林修行。小智等人决定陪阿奇修行一阵子，但是在战斗中，阿奇的猫鼬斩状况显得很不正常。原来它是察觉到了藏在树丛中的宿敌，火箭队的饭匙蛇的气息。两只神奇宝贝立刻一场死斗。论实力，是饭匙蛇占上风。眼看猫鼬斩快被打败，小智派出龙虾小兵加入助阵，停止了一场恶斗。但是，猫鼬斩想一决胜负的斗志更加旺盛，於是第二场生死搏斗又开始了。到底胜负将会如何呢？
#324(ag#49)「小胜与胜人，保护溜溜糖球」
小智一行人向着秋叶镇的方向旅行，来到了位在美丽湖畔的某神奇宝贝中心。在那里，认识了跟小胜一样，名字中有个「胜」字，绰号叫小胜的少年，胜人。胜人不知为何，对小胜一副想找人打架的态度。离开神奇宝贝中心後，小胜看见胜人在湖畔疼爱溜溜糖球的样子。接着，两人一照面又开始吵架了。此时，企图夺走溜溜糖球的火箭队出现了。为了寻找受惊逃入森林的溜溜糖球，小胜与胜人的感情渐有改善，最後俩人决定一起合作保护溜溜糖球。
#325(ag#50)「神奇宝贝华丽大赛，秋叶大会」
小智等人终於抵达秋叶镇。小遥二度挑战的神奇宝贝华丽大赛即将开始。在神奇宝贝中心，小智等人认识带着恰雷姆的协调训练家葛蕾丝。葛蕾丝给了小遥许多善意的建议，然而，却反而成了小遥的压力。为了抗压，小遥一大早就带着狩猎凤蝶做练习。差不多在这时候，神奇宝贝中心里面，小智与小瞬也展开了战斗……。
#326(ag#51)「对抗恰雷姆，华丽对战」
小遥与狩猎凤蝶二度挑战的神奇宝贝华丽大赛，秋叶大会终於开始了。第一次审查时，竞敌小瞬跟葛蕾丝都以美丽的绝招得到高分。轮到小遥的狩猎凤蝶时，苦练的成果也让她得到高分，成功晋级第二次审查。第二次审查时，小遥的第一关的对手，是第一次审查时的最高分得主，武藏野。小遥是不是能够打赢武藏野呢？
#327(ag#52)「正电拍拍与负电拍拍，应援之道？」
神奇宝贝华丽大赛结束，为了小智的下一场道馆挑战赛，一行人向着釜炎镇的方向持续旅行。途中，与带着正电拍拍与负电拍拍的和智重逢。和智在修行的旅行中加入了当地的应援团。关户团长的应援理念乍听之下冠冕堂皇，但是小胜等人却觉得其中一定有问题。为了拆穿关户团长的谎言，小智等人与委托应援团加油的火箭队展开战斗…