随后，大家乘气球降落下来。走出时空之塔的时候，他们又遇到了胜海、达伊、真纪一行人。小智、小光和小刚决定交换对手再赛一轮，然不等他们的比赛开始，一股强大的能量风便在岛上横行起来。另一个时空里，渐渐力不从心的帕鲁其亚努力躲避着迪亚鲁加的攻击，巨大的爆炸在时空之塔边发生，然后能量很快又消散了。
噩梦神在这时又一次出现，好像是从那能量中感觉到了什么一样。阿尔贝鲁特男爵和他的长舌头也不知从什么地方冒了出来，后面还跟着追踪报道捕捉活动的火箭队3人组。长舌头又一次使出了破坏光线，噩梦神则用一连串的黑洞作为回击。那些黑洞没有打中长舌头，却殃及了其他训练家的精灵们，包括小光的叉尾鼬和小刚的胡说束。然后噩梦神遁入黑影之中，想向后面的一条街道逃走。
阿尔贝鲁特男爵和小智都追了上去。男爵追上了噩梦神，然对方并无心恋战，只是用一记黑洞将长舌头送入噩梦状态便再次消失了。阿尔贝鲁特连忙上前察看长舌头的伤势，更加诡异的事情却在这时发生了――男爵变成了一只长舌头！起初他看到火箭队3人组惊恐万状的样子还不知道是怎么回事。火箭队七嘴八舌地解释了半天状况，直到武藏拿出镜子来阿尔贝鲁特才反应过来到底发生了什么。
与此同时，小智继续在屋后的路上追寻着噩梦神的踪迹。在途中他看到一只幽灵噼啪水濑穿过街道。一个黑影随后出现在他眼前。小智立刻让皮卡丘使出了十万伏特，用攻击将噩梦神逼出它的黑影，噩梦神被迫正面迎战。皮卡丘使用了高压电击，噩梦神却用影子分身躲了过去，接着又连续躲开了皮卡丘的一系列攻击。作为反击的黑洞被皮卡丘勉强避开，噩梦神却也又一次得到了逃走的机会，不见了踪影。
托尼欧在他的研究室中钻研着近来越来越强烈的奇异力量。在观看一段爆炸的录象的时候他注意到了什么，于是用慢镜头回放了一遍录象。他发现有什么东西在爆炸的中央，放大来仔细看，他发现了帕鲁其亚的身影。这只能意味着一种可能――帕鲁其亚在试图打开通往它们的时空的通道。
精灵中心里，所有受伤的精灵们都在休息室中歇息着，训练家们担忧地守在它们身边。阿尔贝鲁特男爵走了进来。大家一开始都很疑惑，因为他变成了长舌头，接着火箭队3人组带着真正的长舌头跟了进来。阿尔贝鲁特说这都是噩梦神捣的鬼，因为他当时放出了长舌头所以就被变成了这样。他的话很快被打断了，奇怪的雾气包围了整个城镇的消息传了进来。
整个山岛被一层厚厚的雾气所笼罩着，仿佛与外界的一切联系都被切断了一样。小智一行人来到连接小岛与大陆的桥边，发现有半截桥都被迷雾覆盖了。小智决定试一试能不能走过桥去，然而当他这样尝试的时候，却发现自己在往回走。托尼欧走上前来，拿出笔记本电脑向大家解释这可能与他在最近的异常监测中看到的帕鲁其亚有关。小智说他也在昏迷中看到过帕鲁其亚。托尼欧担心帕鲁其亚是想闯进这个世界里，如果这样，整个阿拉莫斯地带都会陷在扭曲的时空中无法脱身的。
阿尔贝鲁特男爵带着其他训练家走了过来，他说噩梦神才是这些奇怪事件的罪魁祸首，并提到他们将组建一个阻止噩梦神进一步行动的纵队。与此同时，小智一行人正试图弄明白到底发生了什么事，如果托尼欧的分析无误，这一切不可能事噩梦神的所为。他们决定陷在还是先回精灵中心为好。
阿尔贝鲁特男爵的纵队把噩梦神包围在了一小片空地上。训练家们使出了浑身解数攻击噩梦神，然噩梦神不但成功地阻挡住他们的攻击，还使用黑洞进行反击，让他们的精灵一一陷入噩梦状态。
陷入噩梦中的精灵们逐渐苏醒过来，纠缠他们的梦魇慢慢淡去。垂头丧气的阿尔贝鲁特男爵也变回了原来的样子，对着镜子里的自己再三确认着失而复得的人形。形式并未像大家所期待的那样好转，反而愈加严峻起来。最近的一股能量将整个阿拉莫斯镇传送到了迪亚鲁加和帕鲁其亚战斗的那个时空。大家都冲了出来，看着两只传说中的精灵用危险强大的招数激烈地战斗。然而这时迪亚鲁加的一次攻击没能击中帕鲁其亚，径直射向了时空之塔的位置。千钧一发的时刻，却是噩梦神挺身而出挡在前面保护了时空之塔。大家这才明白噩梦神并非他们的敌人。
帕鲁其亚和迪亚鲁加打得难解难分，没有人知道怎样才能让这两个怪物停手。托尼欧则一直在感叹它们放出的是如此不可思议的能量。大家现在面临的是另一个严肃的问题：小镇正在慢慢化为乌有。意识到这一点，托尼欧开始预测即将发生的事情：帕鲁其亚攻击时，小镇会逐渐从外向内消失。因为这位空间之神的能量宝石受到了损伤，只能从显示的世界中吸取能量。
众人意识到了自己处境之危急，而正当此时，又一记偏离目标的攻击射向了爱丽斯。噩梦神再一次挺身而出并使用黑洞回击。迪亚鲁加和帕鲁其亚发现了新的‘威胁’，于是掉转了矛头联合攻击起噩梦神。噩梦神试图向它们使用黑洞，两只精灵却用栅栏屏蔽开了攻击。噩梦神不久便支持不住而躲开了，迪亚鲁加和帕鲁其亚再次激战起来。
与此同时，小智一行正在争分夺秒地将镇上的居民们转移到目前相对安全的地方――时空之塔边的小花园里。随着战斗的继续，小镇还在不断地消融。托尼欧绞尽脑汁想着阻止这两个怪物的方法，但它们实在是太过强大。忽然，年轻的研究员灵机一动：如果爱丽斯的草笛能够安抚任何小精灵的心，那么找到那块刻有同样旋律的石板放到塔顶的机器里，一定能够拯救这座城市吧！
一行人走进有壁画所在的大厅，托尼欧说石板就放在壁画下面的某个托架上，但问题是这里有太多太多石板，他们不可能一块块试过去。爱丽斯拿出她祖母和曾祖父的照片，回忆起祖母教她吹奏草笛的时光。她翻过照片，注意到表格下面有一个符号。她扫视了一下托盘上的石板，竟发现其中一块上面有着吻合的图样。她赶紧把这个机关告诉其他人，托尼欧旋转起托盘，一行人开始寻找相符的石板。
随后大家奔向爱丽斯的热气球，希望能以最快的速度到达塔顶。途中热气球受到迪亚鲁加和帕鲁其亚的攻击而剧烈摇晃起来，圆企鹅一不小心掉了出去。小智赶紧放出长冠翁去救它，然而迪亚鲁加的一连串攻击都将矛头对准了气球的方向。噩梦神冲上前挡下了一部分爆炸，却仍有一记攻击命中了热气球的吊篮。小光失去平衡掉了下去，幸而落在附近的一个平台上。小智觉得继续乘坐热气球太危险，也跳到了那个平台上，两人一同飞奔上楼梯。此时塔的一些部分已经开始消逝了。爱丽斯和托尼欧在努力让热气球安全着陆，而迪亚鲁加一记射偏了的时间咆哮又冲着他们袭来。噩梦神再次上前挡住了攻击，随后向庭院的方向迅速坠了下去。
爱丽斯向一座通往时空之塔的桥上落去，阿尔贝鲁特男爵和他的长舌头赶紧追上去。然而爱丽斯却不小心跳落在桥的护栏上，失去了平衡。她就要掉下去的时候长舌头用舌头抓住了她，却因为舌头太滑而又被爱丽斯滑落了。紧急关头，托尼欧抓住了爱丽斯。他们抓着托尼欧的幽浮气球安全着陆。爱丽斯感谢托尼欧又救了自己一次。当他们都还是孩子的时候，爱丽斯曾经失足落下悬崖，她一直以为是当时站在崖底的托尼欧救了她，而托尼欧却说他看到那是噩梦神救了爱丽斯。提到噩梦神，爱丽斯忧从心来，赶紧向它坠落的花园里跑去。
小智和小光和他们的小精灵们仍在努力向塔顶跑去，但塔崩毁的速度明显快于他们的脚步。前面的楼梯断掉了，小光灵机一动让叉尾鼬和卷耳兔用水枪配合冷冻光线制造了一个冰梯跨过了沟壑。就在他们即将到达塔顶的时候，小智踉跄了一下，险些掉进楼梯井里。小光虽抓住了他却难以负担两个人的重量，他们一起掉在了另一段楼梯上，从那里重新爬到了塔顶。
噩梦神落在了庭院的水池里，小刚和沼王把它抬到了岸上。爱丽斯赶来，担心噩梦神在刚才的攻击中受了太重的伤害。她转过头，大声叫迪亚鲁加和帕鲁其亚赶快停手。此刻，噩梦神回想起爱丽西亚在它受伤时照顾它的情形，仿佛在爱丽斯的身上看到了爱丽西亚的影子。它忽然清醒过来，向迪亚鲁加和帕鲁其亚蓄积力量发动各自的标志性攻击的地方冲去。托尼欧发现在这种情况下，如果它们继续使用如此强大的招数，小镇距离彻底的毁灭仅剩一步之遥。而就在双方发动攻击的刹那，噩梦神冲到了中央，用黑洞吸收并放大了双方攻击的能量，反将迪亚鲁加和帕鲁其亚困在了其中。
努力攀登时空之塔的两人中，小光首先看到了噩梦神的壮举。看到噩梦神暂时控制住了交战中的精灵，小智觉得他们必须好好利用这难得的良机。他们终于到达了塔顶，然而此时噩梦神已经无力再控制迪亚鲁加和帕鲁其亚，它的黑洞渐渐收缩，两只怪物得以从中脱身。迪亚鲁加和帕鲁其亚同时攻向了噩梦神，攻击在半空中引起了剧烈的爆炸。噩梦神被攻击击飞了出去，它的身影渐渐模糊，最后彻底地消逝在了苍茫的空气中。一切看起来都是如此绝望，灾难，悬在一触即发的时刻。
小智和小光用最快的速度将一块石板从机器中搬下来，却发现他们带来的石板太大，根本放不进去。他们没有办法也没有时间把石板弄成合适的大小。幸好小光很快注意到在插孔的中间有一个和石板上的标志相同的符号，小智将它按下去，发现这样孔就与石板的大小合适了。两人打开机器的开关，却又发现塔上已经没有足够机器运转的电力了。小智和小光求援于皮卡丘和电松鼠，两个小家伙竭尽全力放出电流让机器运转起来。电力生效了，乐钟机器开始播放起爱丽斯吹过的那段旋律，让时空之神停在了它们发动最后一击之前。小镇停止了进一步的消融，时空之塔开始发出夺目的光芒。所有人一起看着两只巨大的精灵从愤怒转向平静，帕鲁其亚受到的伤也渐渐得以恢复。迪亚鲁加带头步入另一个不为人知的时空，而帕鲁其亚则先将镇子复还到原状，然后落向塔顶膨胀开来的平台上。小智和小光跑出去看它，小智大叫帕鲁其亚把这么多人卷进它们的战斗里简直太过分了，小光则请帕鲁其亚把小镇带回他们原来所在的时空去，让一切回到原来的样子。帕鲁其亚照办了，阿拉莫斯镇很快被带回到原先的山岛上。帕鲁其亚随后也向自己所属的维度方向离开了。
尽管看上去一切都回归于平静，小智一行人以及托尼欧和爱丽斯都难免为噩梦神为镇子所作出的牺牲而感伤。然而就在他们回镇的路上，皮卡丘忽然看到山崖上掠过一片诡异的黑影。小智转过头去，发现那不是幻觉，真的是噩梦神的影子。黑影来到双子塔上，大家纷纷扬起头来，看到噩梦神屹立在时空之塔上，仿佛正俯瞰着整个阿拉莫斯镇。
尾声.
片尾曲中，小光参加了华丽大赛，随后一行人继续着前往下一个目的地的旅行。而噩梦神，则继续在阿拉莫斯镇里当着一片安静的黑影，默默地生活着，守护着....