在浩瀚海洋中一座不起眼的孤岛上，有着一片看上去异常茂盛的森林，而那森林的深处隐藏着一处鲜为人知的建筑。
偌大的现代化建筑四周格外安静，看不到半个人影，甚至连飞禽走兽的踪影也感觉不到。之所以会是这个样子，就要归功于那隐藏在暗处，发着凛凛寒光的遥控激光炮，它早已将周围的空间封锁个密不透风。即使是只蚊子也别想靠近，更别说动物了。
建筑内的通道四通八达，全钢铁质建材以及吱吱转动的电子眼，更是为其增添了恐怖冰冷的气氛。
“呼哧呼哧……”在一个无人通道的上方换气管道内，男孩正奋力的向前爬行着，一双灵动澄澈的眼睛，天然得毫无心机的微笑，无不让人相信这是一个满是朝气，单纯活泼的孩子。
管道内光线昏暗，灰尘密布，却毫不影响男孩内心激动的情绪，朝着目标坚定不移的前进着。
‘咯……’男孩熟练的拆下通道旁的铁栏，小心地几乎听不到声音，可见他已经不是第一次干这种事了。顾不及擦去满身的灰尘，男孩径直向最近的大门跑去，看也不看便在旁边的触摸键盘上熟练的按出六个数字，只听叮的一声，门顺利打开。
“小云霄，你又来啦？”屋内的人仿佛早已知晓男孩的到来，出声招呼道。
“今天可是汪叔进货的日子，我怎么可能忘记呢！”男孩笑着应声，无意间看到中年人身后几大箱子，一双眼睛顿时变得贼亮起来，语气也变得急躁起来，还带着些莫名的激动，“汪叔，快，快，这次又带了哪些好东西，快给我看看。”
“呵呵呵，不要急，小云霄，这次的货啊保证让你满意。”汪叔笑呵呵地拍拍男孩肩膀，在男孩迫切的目光中，将身后的大箱子一一搬到男孩的面前。
“哇塞，这些都是最新款的模型。噢哦！竟然连雪拉比这类稀有的精灵都有，实在是太棒了！”男孩从箱子内翻着各类模型，时不时的长吁短叹、尖叫连连，开心忘我的样子，惹得汪叔笑声不断。将这个满是冰冷的环境里，染上一缕难得的温馨。
就在同一时间，位于建筑中心的一个超大型的房间内，身穿白大褂的人们正忙碌的来回走动，如机械一般，面无表情的操作着身前的各种仪器。除了嘀嘀嗒嗒的仪器声，便再也没有其他的声音。不论有生命的还是无生命的物体，凡事经过仪器的检测后，都被抛弃处理，惟有一堆被称为结果的文字印在电脑屏幕上，四周还有更多的小型屏幕，上面各种各样的数据更是看得人眼花缭乱。
“艾玛，计划准备的如何了？”冰冷的仿佛没有一丝感情的声音，打破了房间内的沉静。
“报告大人，基本上已经完成了，只需再复查一遍即可启动。”旁边一人恭敬的回答着，脸上却并没有相应的满意笑容。
“复查？这已经是第几次了？你们的进度让我很不满意，我要马上执行！”冰冷的声音夹杂了一丝焦躁，音量也大了不少。
“大……大人，未经检查便启动，那是很危险的事……”身旁的人一脸为难，苦着脸还打算继续劝说，却被严厉的声音打断，“不管如何，今晚必须行动！”
“是……”
这里，是一个连卫星都无法找到的孤岛，上面藏有一个高科技的实验室，其中几乎集合了人类中的大多数智者，对各种未知的事物进行研究和开发。在这里没有伦理道德可言，试验体从无生命的石头，到频临灭绝的动植物，甚至还有人类本身，都是他们研究的材料之一。
而那个活泼好动的男孩名叫云霄，今年十二岁，是个孤儿，来到这个实验室已经2年了，仿佛被消除了记忆一般，他完全不记得来这里之前的事了。由于他聪明伶俐，又显得比一般的孩子坚强的多，很快便被转移到特殊的房间，接受严格的教育，体能训练、科学知识，各种各样几乎不是他们这个年龄该接受的东西，毫无人性的如填鸭般被强迫接受着。除了短暂的餐后休息外，他和其他类似的孩子一样几乎没有半点休息的时间。当然不乏受不了压力而崩溃的孩子，凡是这样的人，都被穿着白衣的人带走，在那之后，云霄便再也没见过。
其间，活泼贪玩的他偶然间发现了这个房间，更无意间发现了神奇宝贝这种神奇的生物，在汪叔的引导下与这种奇特的精灵们结下了不解之缘，终日在枯燥环境之下的云霄一下子就爱上了这些可爱的小家伙，之后更是一发不可收拾，每当在汪叔这发现新的种类，他总会兴奋之余将其收藏起来，这项爱好成了他快乐的源泉，也给了他生存的动力。