本来川民早就忘记明朝了，根本就不响应王应熊。只是此时绅民困于敛派，迫于刑诛，正是走途无路之时，得到了老王的檄文，果然纷纷结寨落草，抗差拒粮。川北、川东、川西和下川南各州县，结寨之民，到处都是。同时，杨展出兵进攻叙州，曾英进攻合川，马乾进攻内江，朱化龙进攻石泉，声援各地叛民。
到了九月底，整个四川除了成都平原一片外，全在兵戈扰攘之中。在距离城市较远的山林地区，虽有山民聚居，烟火稠密，现在已经不受官吏管辖了。他们或凭险结寨，或旁水为坞。或数十家，或百多家，各有寨主发号施令。白日结队出耕，有人巡哨。夜晚轮班入睡，不废更传。出入樵汲，皆携戈矛。来往行人，严加盘查。如是临寨百姓，招待酒食，护送回巢；如是流民，劝其盟誓入伙；如系官吏胥役及其沾亲带故之人，则留财害命。如果有军队过往，则传锣罢耕，闭寨自守。军队来攻，则拼死抵抗；不来，寨民也不相犯。这些寨民，不受大西统治，也不理睬大明，只是自保。
张献忠见叛民四起，不反思自己的统治出了什么问题，却怪川民反复，命令各路军马四处围剿。结果叛民越剿越多，到了年底的时候，大西已经只能在成都方圆三百里发号施令了。所以张文秀直接把来传诏的人留在建昌府了，因为现在道路已经不通了。
四川已经大乱，大西、大明，还有更多的寨堡，相互残杀。而云南也来凑热闹。
早在八月的时候，云南武定土司吾必奎就来来跟飞虎军接洽，希望得到张文秀的帮助。原来去年李大贽在进攻会川失败后，一直驻扎在武定，对吾必奎百般盘剥，轻慢吾必奎。吾必奎受不了李大贽这个败军之将，一个败军之将还这么牛气，说明云南武力已经衰弱了，加上大明接连失地，也助长了吾必奎的野心。但他知道自己的实力还不能对抗整个云南，所以就向张文秀求援，要飞虎军跟自己一起对付李大贽。
张文秀在前世根本就不知道历史上还有吾必奎这么个人，只知道在今年年底沙定洲会叛乱。只是到了建昌后才知道有这么一号人，似乎靠平定奢安之乱起家的。如果自己支持吾必奎，会不会改变历史进程？所以张文秀拒绝了吾必奎，但表示自己不会在他起事的时候袭击他，你要对付李大贽，我不反对。
其实，历史还是按照原来的轨迹继续发展。吾必奎在九月正式起兵，首先突袭杀了李大贽。然后南下进攻，放出话说：“已无朱皇帝，何来沐国公。”，矛头直指沐天波。
吾必奎也是骁勇之辈，起兵不到半个月，先后攻陷了大姚、定远、姚安，全滇震动。沐天波大恐，连忙急调急忙下令调集石屏土司龙在田、峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲、宁州土司禄永命、景东土司刁勋等部，向北抵挡吾必奎。而吾必奎起兵以来战必胜、攻必克，认定明军战斗力低下，头脑发热，所以看到明军前来挑战，竟然跟明军的优势兵力进行决战，结果在九月底一战而败，被斩。
张文秀听说吾必奎起兵不到一个月就被斩了，很是惋惜。看来云南还是乱不了，自己不能趁火打劫了。不过从情报来看，沙定洲自从平定吾必奎后一直以各种借口赖在昆明不走，看来是所图不小啊。
果然，张文秀在十二月底就收到消息。在十二月初一日，沙定洲以告辞为名突然袭击黔国公府，同时分派部众占领省城各门。由于变生意外，沐天波来不及组织有效的抵抗，在几名心腹卫士保护下带着官印、世袭铁券等物逃往西宁，途中由龙在田、禄永命保护来到楚雄，这里有金沧兵备道杨畏知镇守，才暂时安顿下来。沐天波虽然逃了出来，可是他的母亲陈氏和妻子焦氏可就惨了，婆媳俩仓卒中好不容易逃出国公府，但沙定洲的人马控制了城门，根本就逃不出去，最后只好跑到尼庵自尽。
沙定洲占领昆明以后，自称“总府”。“总府”是黔国公沐家的一般称呼，看样子他已经要取沐天波而代之，做云南王了。然后沙定洲派兵追拿沐天波，在楚雄被杨畏知集结的军队击败。他在西进失利之后，发兵收取云南各地，在短时间内除了杨畏知、沐天波控制下的楚雄以西地区外，都归附了沙氏。
可笑沙定洲在大西大顺三年（1646年）正月竟然派人到建昌府要求跟张文秀结盟，希望飞虎军出兵与他一起夹击楚雄，他以黄金万两、白银二十万两还有一筐珠宝作为酬谢。历史上自己四兄弟可是以诛杀沙定洲这个叛贼的名义占领云南的，张文秀决定还是走历史的老路子，所以把来使斩首，拒绝了沙定洲，让他在云南闹腾吧，自己明年再来收拾你。