第二天，张献忠带着大部队离开荆州沿长江而上，不费吹灰之力先后攻克了夷陵和巫山正式进入了四川地界，所向披靡，过巫山、克夔州、云阳，直到万县湖滩才遇到顽强抵抗。张献忠让张文秀随后跟上，还要组织西洋人修历。
张文秀则留下来等自己的部队还有王尚礼他们一起赶过来，老张在离开前特意嘱托要把荆州城墙拆毁。对于拆毁城墙，张文秀举双手赞成，毕竟荆州城墙非常坚固，而大西没有力量留守荆州，还不如拆除，不能便宜了左良玉和李自成。在拆毁城墙以前，张文秀安排魏玛窦把荆州城墙和荆州周围的建筑地形全部详细的画下来。虽然荆州城被张献忠拆毁，但好象没几年满清重新在原址上修建城墙，但是现在先把城墙图画下来，以后也还会用得上的。
接下来的半个月，大西军陆续经过荆州向西进入四川，还有老回回去年年底在澧州病死了后，其部下都投靠了大西，也入川了。张文秀是最后一批撤退入川的。王尚礼也非常够意思，张文秀的金银财宝没有损失，松了一口气。
张文秀在二月初到了夔州府奉节县，在此地一呆就是三个月。一到了奉节县，张文秀就向张献忠请示，说要组织几个人手帮助何大化和孟儒望修历。张献忠当然答应，毕竟现在在长江沿线并不需要太多人手来作战，张文秀那一两万人也没太大作用。
在这三个月，张文秀命令巴来笃为总教官，训练自己的飞虎军练习西班牙步兵方阵；组织从韶州府裹胁来的种田好手在不同海拔的土地上种植马铃薯、番薯和玉米，让潘冶文等文人详详细观察记录这些农作物的种植、施肥、浇水等过程，争取种植成功的同时把栽培这些作物的方法编写成书。其余各色人等都有事情做。
让张文秀意外的是，自己的黑人亲兵竟然水性非常好，就是比起吕庞等民也不逞多让。以前不是说在体育项目上，黑人在短跑弹跳等田径方面占优势，而在游泳方面则非常差吗，好象黑人在奥运会上从来没有获得金牌，在2008年黑非洲津巴布韦赢得了游泳金牌，不过得奖者却是个白人。
然而，刘大他们水性很好，在水里能憋气很长时间。最后，张文秀发现他们确实游泳速度不是最强，而现代体育竞技中比的就是速度，从这方面现代体育也不怎么样，完全不注重实际。
到了五月初，马铃薯成熟了，在海拔低的平地基本试种失败，亩产百斤，质量也很差，个头小；但是在高海拔的半山腰地方却大获成功，最高竟然亩产八百多斤，质量好，个头大。
正在张文秀带领手下挖马铃薯的时候，张献忠派人来了，让自己赶快带领部队到万县湖滩去助阵，最好带一些水性好的。
张文秀问现在前线怎么样了，来使回答说非常不好，大西主力已经被堵在万县湖滩，进退不得，情势危急，故大西王请帅主赶快赶去增援。
自从李自成在崇祯十六年底攻占陕西，汉中一日三惊，在十二月底，李自成派大明降将权将军马科率领一万人进攻汉中。万历皇帝的第五子瑞王朱常浩开府汉中，一听李自成的人马来了，马上收拾细软跑到四川避难。要说瑞王，好佛不好色，当然也有明朝王爷的通病：好财，逃到四川后，四川巡抚刘士奇和巡按刘之勃把他安排到重庆，并安排重兵进驻重庆，提拔曾英为总兵，发银三万两，命曾英驻守万县湖滩，作为重庆的最外层防御。
曾英，出生于官宦之家，人称曾公子，不过他却为人豪爽，练得一身好武艺，不考文科举，却中武举，在崇祯末年已经是副总兵了，这次被巡抚提拔为总兵。曾英感激巡抚提拔，更是对乱臣贼子的仇恨，分外卖力。
到了湖滩后，曾英与自己的手下三位大将李占春、于大海、胡凤鸣决定在此建一个大寨，此寨前面的通道狭长，左有高山悬岩，右有滚滚长江，十分险要，真是一夫挡关，万夫莫开。再在湖滩寨旁边建了一个水寨，互为犄角。大西军前锋是四帅主能奇，自从二月底攻破云阳后，能奇就在湖滩被曾英死死挡住，不能前进一步。
张献忠到了后，见攻不下陆寨，就组织水军进攻水寨。曾英颇通兵法，水寨也建得十分牢固，用大船百只，尾系竹缆，拴固于岸上。前垂铁锚，钉固江心。各大船漂浮在江面，保护着湖滩。在这坚固的江面堡垒的外围，曾英派小船两百多只在江中游弋；每船上有二十人，一半划桨，一半作战；战士有弓箭，用于远程打击，有长矛，用于近战。这些小船都听水寨大船上号炮旗帜指挥。
大西水军由狄三品率领，他带着大船百只，每船五十人，弓箭手刀手火铳手还有投火弹的都有。每只大船由二十人划桨，一人掌舵，直奔水寨。
曾英看到逆贼备有火弹，知道对方要放火，决定先下手为强，命令自己的那百只小船，分成五排向下游靠岸，用火箭射向敌方。大西军中由头领浪里龙做先锋，不管对方火箭，直扑对方。大西军中的大船被烧了三只后，其余前锋的五只被明军百只分割包围，明军小船上水兵并不跃上大西被包围的大船砍杀，而是专门砍断大西军大船上水手的木桨，刀辟舵身。