12日的上午，云菲和袁超很早便去了法庭。法庭旁听席上的人并不多，因为被告方面在道明并没有大多的亲属和朋友。来的人尽是道明药厂方面的，有生产厂长范达贵、吴主任、厂党委办公室主任和另外五六个人。古望曙没有来。电视台和晚报的几个记者也来了，因为这起案子现在在道明也造成了不小的声势。
云菲一个人孤零地坐在旁听席的右侧，她双手抱在胸前，目光沉着而坚定。被告方的亲戚朋友现在也就只有她单独一个人了。这情景总让人想起在足球比赛中，客队球迷的呐喊总是会被主队的球迷淹没，他们微弱的助威声，大多都化成了球场上方随风飘零的纸屑和灰尘。
法庭宣布相关人员就位后，检察官和律师分别在对面坐下，书记员坐在法官席的下面。三位法官表情严肃，审判长是一位四十多岁的中年男子，面目庄重法袍严裹。三位检察官里，两位也是年轻的小伙子，中间年纪长一点的那位同样是神情稳重，眉头紧锁。
审判长宣布开庭后，立即带被告人到庭。史东亮被两位法警夹在中间，带到了法庭的中间的木栅栏里。法官按照常规，宣布了庭审事由和审判长、检察官、书记员、被告律师以及合议庭成员名单后，开始正式进入审理程序。
首先由提起诉讼的公诉方检察官发言。
第一个发言的便是年长一点的那位主诉检察官。他讲话的语气铿锵有力，不疾不徐，平和中透露出一种志在必得的信念。他首先依照时间顺序，按照从公安机关那里掌握的材料，陈述了嫌疑人的作案过程和事实。接下来开始阐述嫌疑人的犯罪动机和目的，先从犯人和药厂两次争吵谈起，说明嫌疑人在那段时间里，便和药厂形成了充分对立不可调和的矛盾，嫌疑人具备了蓄意报复发泄心中仇恨的犯罪心理。又列举了他和四川成都一制药企业秘密接触，出卖药厂科研成果获取钱财的事实，充分说明嫌疑人的犯罪目的便是企图放火烧毁科研楼后，带着那个成果离开道明药厂，从而投奔成都方面获得个人私利。之后，他宣读了有各种证人签字确认的证词，并出示了史东亮当晚穿过的那件沾有汽油味的衣服作为证物。
最后，他强调嫌疑人蓄意纵火犯罪的恶果，造成了药厂方面的巨大财产经济损失，同时也负面影响深远，给社会治安造成了不稳定的因素，要求法官按照《中华人民共和国刑法》第115条的规定，以危害公共安全罪作出宣判。
主诉检察官的诉讼词准确周全，缜密详实，构词也行文工整，力透纸背，从嫌疑人的犯罪动机、犯罪时间、犯罪过程、犯罪目的四个方面着手，阐述得明晰到位，使所有在法庭上的人都能充分相信嫌疑人的犯罪事实。范达贵更是脸上带着笑容，坐在那里摇头晃脑，厂里其它人员也是一幅稳操胜券的表情。只有云菲神情凝重，脸色僵持。
接下来，法官宣布由被告方律师宣读辩护词。袁超也是一位多次上过法庭的老将了，他懂得以一种什么样的方式和态度，才能取悦法官们。他声音温和有力，亲切动情，没有半点嚣张和狂妄，共从四个方面对检察官的指控进行了批驳：
第一个方面是犯罪动机方面。他首先明确地指出那种新型口服液的专利权是属于史东亮的，他和林教授首先在大学里便进行了实验，只是在道明药厂才最终完成，但这并不能在专利权归属争议问题上造成障碍。史东亮拥有这种专利权，他将专利权交由谁生产开发是他的自由。他和成都方面那家制药企业私下联络，也并不能形成公诉方指控的理由，即嫌疑人纵火烧毁科研楼后，让那个成果消失，他便有了借口一走了之。他可以光明正大地带着那个成果离开药厂，又何必冒着杀头入狱的危险，出此下策呢？这是每一个有着正常头脑的人都能联想到的事实。再有，和药厂的两次争吵史东亮并没有过错，第一次争吵是因为药厂没有和他进行工作上的配合；第二次争吵是因为他的老师意外身亡后的赔偿问题未能如愿，这都是任何一个有责任心和正义感的人都会提出来的正常要求，所以争吵并不能成为他必须纵火犯罪的理由，反过来看，我们更应该对他的处境表示同情，
第二个方面是被告当晚去科研所的目的问题。他首先对检察官指控的被告那晚去科研楼的目的便是为了实施纵火表示反对。他说现在我们已经得到了确切的证据，被告那个晚上提着汽油和破布条卫生纸去科研楼，是为了清洗科研所一台不能使用的粉碎机，那些东西都是清洗废旧机械必须要使用的工具和材料，被告并不是作为纵火工具和材料而拿进去的。接下来，他向法官出示了在史东亮的同学罗旭家里取得的证词和谈话记录，那上面前后一致具体详尽，彻底反映了史东亮那个晚上去科研楼的真实目的和意图。他还出具了罗旭来道明入住芳园宾馆的商业发票，和他们确实到了汕头以及需要一种中药材粉剂的文字资料，作为谈话记录的证物，表明每一项细节都属实。
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