5月10日，帕特利克萨拉以自由高达被夺及情报泄漏的怀疑，对克莱恩派进行肃清；并以叛国罪通缉西格尔克莱恩与拉克丝克莱恩二人。
5月11日，阿斯兰在因将转用为农地而予以拆除的尤尼乌斯市5区的剧场“白色交响曲”内与拉克丝见面。
5月15日，大天使号脱离联合，泊于奥布。
5月17日，阿斯兰受领正义高达，降落到地球上。
“巴拿马攻略战”
5月25日，zaft攻击巴拿马基地，并使用了超级武器“贡格尼尔”。质量加速机“巴拿马之门”被“贡格尼尔”破坏。另外，联合军在这场战斗中首次将量产型ms强袭短剑投入实战。
为了这场战斗，zaft特地缩小了非洲战线，自直布罗陀基地导入了大量兵力。
5月29日，在地球联合首脑会议上，军事产业理事穆尔塔阿兹拉艾尔唆使攻击奥布。欧亚联邦与东亚共和国虽然反对攻击奥布，但该提议被大西洋联邦强行通过。在该首脑会议中，同时决定发动“维多利亚夺还作战”，此次作战由欧亚联邦与东亚共和国担任主力。
6月1日，地球联合对保持中立的赤道联合、斯堪的纳维亚共和国以及奥布联合酋长国等国呼吁“非我即敌政策”。地球联合利用媒体等途径，对大众作大规模的宣传战；在私下里，则以近乎恐吓的态度要求各国政府加入联合。
6月13日，大西洋联邦第4海上舰队南下，要求奥布阿斯哈代表辞职、议会立刻解散并放弃武力，并给予奥布48小时的考虑时间。
6月14日，卡兹巴斯卡克等11人离开大天使号。
阿斯兰在马绍尔群岛的小岛上与玛尔基奥导师会面。
“奥布解放作战”发动
由于阿斯哈代表拒绝了大西洋联邦的要求，大西洋联邦遂发动了“奥布解放作战”。
联合军新型gat－x系列机体灾厄高达、禁断高达和强夺高达初次投入实战；而奥布秘密开发的ms“m1astray”同样初次投入了实战。
阿斯兰驾驶正义高达介入了战斗。
吉良与阿斯兰面对面再次相逢。
6月16日，阿斯哈代表怀着战败的觉悟，让大天使号与草剃号向宇宙脱离，并与朝霞社、质量加速机“辉夜”以及淤能吕岛的地下军事设施共同自爆。
由奥布下议院所选举出来的临时政府接受了大西洋联邦的劝降通告，奥布成为大西洋联邦的保护国。
6月18日，草剃号在轨道上的船体各部份进行大气圈外的接合，与大天使号一起向l4开始移动。
“第三次维多利亚攻防战”
以欧亚联邦为主力的联合军进攻zaft占领下的维多利亚基地。由于强袭短剑的大量投入及阿拉斯加战役之后zaft地上军的弱化，战局向有利于联合的方向发展。数种强袭短剑的衍生机体和新型试作机等也投入了战斗，进行实战评价。
6月20日，娜塔尔巴吉露尔就任大天使级二号舰“主天使号”的舰长。
6月25日，维多利亚宇宙港陷落，自爆装置也在启动的前一刻被突入的特殊部队所阻止。
在被联合夺回后，维多利亚就成为联合的主力宇宙港。
6月26日，伴随着维多利亚的陷落，plant评议会宣布加强宇宙战力。
拉乌勒克鲁泽被召回本国。
6月27日，拉乌勒克鲁泽带着芙蕾阿尔斯塔等人，从卡奔塔利亚出发。
6月28日，穆尔塔阿兹拉艾尔从维多利亚来到宇宙。
6月30日，大天使号到达l4的卫星“门德尔”。
7月1日，阿斯兰回到plant与父亲见面。拉克丝克莱恩与安迪巴尔特菲尔德一起夺取了新造战舰“永恒号”。
7月3日，灾厄、禁断和强夺3部高达被配属于主天使号，穆尔塔阿兹拉艾尔以观察员的身份也乘上该舰。
7月5日，“永恒号”到达门德尔，与大天使号及草剃号合流。
7月7日，克鲁泽队接受了追击“永恒号”的任务，到达l4。
7月12日，主天使号在门德尔与大天使号展开战斗。
吉良、穆与克鲁泽在门德尔内部碰面，吉良得知了自己出生的秘密。
芙蕾阿尔斯塔带着“中子干扰消除器”的设计图到达主天使号。
克鲁泽队纳斯卡级战舰“威萨利乌斯号”被击沉，舰长亚迪斯战死。
其后，以拉克丝克莱恩为中心的“永恒号”及以下船舰，在与奥布残党、plant的旧克莱恩派、联合的和平派等取得联络的同时，还为和平及早日结束战争而奋斗。在玛尔基奥导师的努力下，“永恒号”一行获得回收业组织等的支持，得以转战各地。
7月16日，联合首脑会议秘密通过决议，决定开始开发搭载“中子干扰消除器”的核弹，并编成“维和队”。
被俘虏的芙蕾阿尔斯塔因顺利逃脱且带回“重大而有益”的情报而得到晋升，根据自身的愿望被配属于主天使号。
“第二次卡萨布兰卡海战”
7月24日，地球军进攻直布罗陀基地，zaft放弃了直布罗陀，开始从欧洲撤退。
“八八作战”发动
8月8日，地球军发动以攻击卡奔塔利亚基地为最终目标的“八八作战”。
“艾尔斯岩降下作战”开始
地球联合军对大洋洲联合的攻击日趋激烈。
地球军将自维多利亚基地送上轨道的ms部队降下，与来自澳洲内陆的地上部队及太平洋舰队以澳洲东、北岸为目标进行夹击。
自此时起，ms、人员、物资从维多利亚宇宙港陆续抵达月球。开始流传将要发生大作战的流言。
“艾尔维斯作战”发动
9月11日，地球联合军司令部以攻击plant本国为最终目标的“艾尔维斯作战”发动，极秘密地从各方面集结战力。
“博亚兹攻略战”
9月23日，由于维和队所进行的核攻击，博亚兹陷落。
“第二次雅金杜埃攻防战”
9月26日，对plant本国进行的核攻击被前来介入的拉克丝等人所阻止。
zaft使用“创世纪”，第1次发射击毁了联合军40%以上的战力。
9月27日，“创世纪”第2次发射，将兼负补给任务的第2波攻击部队全灭，并摧毁了月面的托勒密基地。
主天使号被击沉。穆拉弗拉格及娜塔尔巴吉露尔战死。
帕特利克萨拉被部下击毙。雅金杜埃自爆，而“创世纪”也由于进入其内部的正义高达的自爆而被破坏。
被抵抗组织救出的艾琳卡纳巴等旧克莱恩派议员向地球联合提出停战要求。
c.e.72“尤尼乌斯条约”缔结
3月10日，地球联合与plant临时评议会在“尤尼乌斯7”的遗迹上空缔结了停战条约。
条约规定禁止使用核引擎及中子干扰消除器，禁止海市蜃楼技术用于军事途径，还对ms的保有数进行了限制。