佐助给人的感觉是挺酷，遭受了这样的压力还一直倔强的挺着，这一点是难能可贵的。但是，归根结底他还是脆弱的，而且比同龄的忍者更脆弱，更自卑，更怕受到伤害。正是因为小时候的心灵伤痛和阴影造成了这一点，说他更脆弱，是表现在失去了双亲而不敢去面对，只能依赖对哥哥无限的仇恨来冲淡这种对双亲思念和不敢面对父母死去的事实，而他又不能找人哭诉，因为他是宇智波一族的骄傲，因为他是忍者学校最优秀的优等生，鸣人有伊鲁卡老师关心和爱护，有火影老头的慈爱呵斥，有木叶丸这帮马仔跟班热热闹闹，佐助有什么，只有无尽的孤独和仇恨。佐助实在太爱自己的哥哥的，他自己的潜意识就认定从小就敬爱的哥哥是杀害父母乃至全族的凶手，从而心头有一种极大的失落感和犯罪感，他默认了自己就应该背着这个黑锅和阴影，他信誓旦旦的要杀鼬而后快也是这种心理，心灵的偶像既然注定要被打破，与其让别人动手还不如自己亲自来作，但杀哥哥，自己肯定必然落入更深的自责和懊悔中去，如果不杀鼬，从情感上又觉得对不住双亲的在天之灵。而木叶村对鼬的敌视，更加深了他的自卑感，使他觉得这种敌视是对家族莫大的侮辱，也是无法接受的，因为不管他嘴上是否承认，自己心灵深处仍然是深深爱着自己的哥哥的，他必须要杀掉鼬，也是因为想尽早的结束别人对鼬的诋毁和鄙视，想作一个了结，别人越夸宇智波一族优秀，越说鼬强大，他的心态越失衡，他肯定无数次的诘问苍天，为什么唯一的亲人和那么强大的哥哥会是坏人，这种脆弱和自卑的根源是他绝对不会和别人倾诉的，尘封了自己的内心。这就解释了为什么他没有朋友，没有人真正懂得他的心。他怕别人触及他心灵的伤口，哪怕偶然间接的冒犯也不允许（前面佐助对小樱大发雷霆也是缘与此，小樱说鸣人没有教养，一定是因为没有人管教的缘故，所以才会为所欲为。他说：失去父母的痛苦远远不是父母的唠叨所能比的）。
他怕受到伤害，尤其是亲近的人的伤害，他没有朋友，是因为他根本不敢再去相信朋友，他认定既然亲哥哥都能背叛他，那么世间还有什么能在承受他的信任（这点和失去夜叉丸时的我爱罗有共同的心路里程），但后来卡卡西的悉心教导，鸣人强大的影响力，以及和自己小组成员一起的出生入死同舟共济相互扶持，让他渐渐的感到一丝丝人性的暖意，虽然他仍然没有那么完美的信任别人，但他毕竟再试图改变自己，于是就有了舍身相救鸣人这一经典场景（经典的波之国之战）。至于他经常说鸣人是吊车尾的也是在掩饰自己的脆弱与孤独。在他离开木叶时，他却说过这么一句话“我曾以为这就是我想要的生活。”但是佐助最后还是选择了离开，因为他所背负的深仇大恨。
其实全剧中，佐助与小樱的关系也是许多佐迷的看点，岸本安排的剧情好像是樱的单相思，还有与井野无聊的争论。不过或许是为了迎合更多火影迷，岸本总是描绘一些佐助对于樱小小的保护和情感，也算是让部分佐樱的粉丝饱了眼福。
第一部
生存测试篇
成为第七班成员之后，佐助对队员并不关心。他既不搭理鸣人的挑衅，对小樱的善意举动也很冷淡。当第七班开始卡卡西的铃铛测试时，他从一开始就决定独自对付卡卡西，根本没打算要两个队友帮忙。在卡卡西毫不客气地向他指出这一点后，佐助认识到要成为一个忍者，就必须和队友合作。于是他不顾卡卡西的禁令，把自己的便当给鸣人吃，也因此前无古人地通过了卡卡西测试。
波之国篇
第七班的第一个重大任务是护送桥梁建筑师去波之国。出发不久，他们就遭到了鬼兄弟的偷袭。面对两个雾隐的中忍，鸣人被惊呆了，失去了抵抗能力。而佐助则充分发挥自己的能力，抵抗了一时，直到卡卡西前来救援。而后，在卡卡西被再不斩用水牢术困住，佐助和鸣人合作，用风魔手里剑·影风车将伪装成苦无的鸣人掷出，解开了再不斩对卡卡西的束缚。在卡卡西击败再不斩以后，他通过爬树练习教鸣人、佐助和小樱如何控制查克拉。鸣人和佐助互相竞争，很快都爬到了树顶。
假死的再不斩带着他的徒弟白一星期后再次出现，向第七班复仇。佐助的对手是拥有血继限界的白。由于训练的缘故，佐助很快跟上了白的速度。白为了摆脱劣势，使出秘术·魔镜水晶，将佐助困在其中。此时，匆忙赶到的鸣人冲动地踏进了白的陷阱。佐助在和白的战斗中，不断尝试，最终唤醒了自身的血继限界写轮眼。这时的佐助不但可以看穿白在镜中光速般的移动，甚至还可以掩护重伤的鸣人。白利用这一弱点，攻击鸣人以造成佐助的破绽。佐助明知是计，仍然用自己的身体掩护了鸣人。为了掩饰对鸣人的珍惜，他在弥留之际强辩说，他这样做不是为了救鸣人，只是身体不由自主罢了。最终，愤怒的鸣人用九尾的力量击败了白。而佐助也只是昏死过去，不久就恢复了知觉。第七班胜利地完成了任务，回木叶村复命。
中忍考试篇
中忍考试之前，李洛克前来挑战。佐助认为自己的写轮眼可以复制任何招数，并没有没把小李放在眼里，就答应了。但他错误地估计了形势，小李在速度上占尽优势。虽然两个人没有真正动手，让小李占优的事实还是让佐助非常不爽。在笔试中，佐助发现自己一题也不会。但聪明的他很快意识到考试的重点在于考验如何在不被发现的情况下抄袭。佐助利用自己的写轮眼，通过复制其他考生的铅笔的移动完成了考题。
在中忍考试的第二部分开始后不久，佐助和小樱在死亡森林遭到了大蛇丸的攻击。在大蛇丸的死亡预览术之下，佐助内心非常恐惧，浑身发抖以至于基本没有还手之力。就在佐助为了保住性命，要将卷轴交给大蛇丸的时候，鸣人适时地出现并阻止了佐助。在鸣人和大蛇丸战斗时，佐助惊奇地发现鸣人居然身手敏捷，完全不是吊车尾的形象。虽然鸣人无法打败大蛇丸，但这一举动激发了佐助的斗志。他用绑着线的风魔手里剑将大蛇丸制住，并用火遁忍术延线烧毁了大蛇丸的脸。就在佐助以为已经战胜大蛇丸的时候，出于对佐助能力的满意，大蛇丸给佐助种下了天之咒印。佐助痛苦的倒下了，而大蛇丸离开前告诉小樱，佐助迟早会来找他获取力量。
因为中了咒印的缘故，佐助和鸣人一样失去了知觉。小樱在一旁来照料。正在这时，一群音忍奉大蛇丸之命来干掉佐助。小樱和先后赶来的李洛克和第十班苦苦和三名音忍周旋，但战况不利。小樱还受了重伤。宁次带领的第三班其他成员赶到，正当他们准备和音忍作战时，佐助的身体适应了咒印，并苏醒过来。愤怒的佐助浑身布满咒印黑色的花纹，向满不在乎要攻击小樱的萨克发难。由于咒印的力量，佐助占据了绝对优势。他用非常暴力的手法扭断了萨克的手臂，并且准备继续向其他两名音忍复仇。小樱察觉到咒印状态的佐助失去了控制，一把抱住佐助，求他停手。小樱的举动让佐助恢复了正常。在一旁惊恐万状的音忍们留下卷轴，赶紧逃离了现场。
在考试的初试选拔中，佐助的对手是音忍的赤铜铠。在比赛前，卡卡西警告佐助不要使用咒印的力量，否则可能直接被淘汰。战斗开始后，铠使用他的吸收查克拉的忍术大量地吸取佐助的查克拉，占了很大优势。在不能使用咒印的情况下，佐助将他从小李那里复制来的体术稍加变化成为狮子连弹，并控制了咒印，最终一招击败了对手。比赛过后，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的发作。大蛇丸突然出现，告诉卡卡西和佐助，如果佐助自己愿意，咒印是无法被封印的。大蛇丸在和卡卡西对峙了一阵后离开了。为了防止佐助经受不起力量的诱惑而使用咒印，卡卡西在接下来的一个月时间里单独陪佐助训练。
佐助在和卡卡西的训练期间，学会了卡卡西的成名绝招千鸟。同时他还针对我爱罗练习了复制来的小李高速的体术。虽然正式比赛的时候迟到，但佐助这一期间的苦练的成果很快显示出来。他的高速移动让我爱罗疲于应付，不得不用沙子将自己全身包围起来。佐助趁此机会首次使用了千鸟，结果穿透了我爱罗的绝对防御，并击伤了后者。
与此同时，砂忍和音忍的木叶崩溃计划开始实施。我爱罗在其余砂忍的掩护下从木叶村撤离。佐助奉命追击我爱罗，一路上过关斩将，最终追上了后者。佐助一再使出千鸟，并切断了我爱罗用沙所凝成的一只手臂。被激怒的我爱罗使用守鹤的力量反击佐助。而佐助则由于咒印的缘故，体力不支倒下了。紧急关头，鸣人赶到，一番苦战后和击败我爱罗。佐助对于鸣人在这一战中表现出的实力，表现出惊讶和嫉妒。
鼬的复返篇
在得知卡卡西被突然出现在木叶村的鼬击败后，佐助去探望卡卡西打听消息。从卡卡西那里，佐助得知鼬回到木叶村的目的是要寻找鸣人。于是他立刻动身去找鸣人，以向鼬复仇。等找到鸣人的时候，佐助发现鼬已经先到一步。佐助使出绝招千鸟对付鼬，但被鼬随手破解了。虽然佐助不屈不挠，但鼬似乎对他缺乏兴趣，用月读毫不留情地击溃了佐助。鼬嘲笑佐助仍然太弱，因为恨的还不够深。佐助被自来也救起，去木叶村的医院养伤。
佐助营救篇
纲手回到木叶村后，治愈了佐助的伤势。在医院治疗期间，佐助回忆起他在第七班的历程。他发现自己仍然太弱小，无法打败鼬，甚至被从前的吊车尾鸣人超过。心情抑郁的他和前来探望他的鸣人在医院进行了一次对决。虽然这次对决被赶来的卡卡西阻止，但佐助发现鸣人的新术(螺旋丸)威力与千鸟差距之大，内心更加不安。卡卡西在事后现身说法劝说佐助不要过于执着对力量的追求，但佐助已经积重难返。这时，大蛇丸派来的音忍四人组吸引了佐助的注意。佐助认识到大蛇丸给予的咒印的力量后，决定跟随音忍离开了木叶村，追随大蛇丸以换取力量。
在佐助离开村子之前，被小樱追上。尽管小樱极力劝说佐助留下，并表白了对佐助的爱意，希望能帮佐助变强。佐助被小樱的话打动了，说了声“谢谢”，然后击昏了小樱，离开了村子。在路上，佐助再次碰到了音忍四人组。这一次音忍给了佐助提升咒印状态的药丸，然后将吃下药丸昏死的佐助封印到特制的棺桶中，带着棺桶离开了。
在音忍一行往大蛇丸方向去的时候，一支由鸣人、鹿丸、牙、宁次和丁次组成的小队在身为中忍的鹿丸的带领下开始了营救佐助的任务。途中，小队的队员分别先后和音忍四人组的成员进行单挑。这期间君麻吕出现，带走了棺桶，但最终被鸣人追上。这时佐助完成了咒印的升级，破桶而出。恰巧小李赶到，拖住了君麻侣。鸣人最终在终结之谷追上了佐助。
佐助见鸣人穷追不舍，便决定杀死鸣人像鼬所说的那样得到万花筒写轮眼。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。于是两人开始了大战。起先鸣人使用体内九尾的力量占据上风。但佐助在对阵中升级了他的写轮眼，和鸣人打成平手。这时鸣人让九尾的查克拉环绕在自己周围，并长出一条尾巴。而佐助则使用了咒印的状态二，变成了鹰的形态。两人各自使出绝招――鸣人的九尾力量的螺旋丸和佐助的咒印状态的千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。在僵持状态下，佐助击中了鸣人，而鸣人则在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸威力足以山崩地裂。之后，鸣人昏倒在地。胜利了的佐助并没有杀死鸣人，因为他要用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样做。佐助离开了鸣人，去寻找大蛇丸。
第二部
第二部中的佐助
第二部开始时，佐助的面貌没有太大的变化。他依然冷酷、强大，而且斩断了和鸣人和小樱之间的友谊，全身心地去追求力量。在三人再次见面的时候，佐助毫不犹豫地攻击鸣人和小樱，不留一点情面。但另一方面，对于一些陌生人，他反而不大愿意随意杀戮。佐助和大蛇丸之间也仅仅是互相的利用关系。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。只有在训练的时候，他才愿意和大蛇丸在一起。佐助没有佩戴音忍的护额，他身上唯一的标记就是宇智波一族的纹章。
在第一部到第二部的两年半时间里，佐助的能力大大提高。他使用一把草稚剑作为武器，并开发了新术千鸟流，可以让全身布满千鸟，攻击靠近的敌人。他还掌握了雷系查克拉的状态变化，可以不借助任何媒介使查克拉刀任意变化。可能由于大蛇丸的影响，佐助学会了类似潜隐蛇手的忍术。他对咒印的控制能力也大大提高，可以做到将身体的一部分提升到咒印状态。佐助实力更为深不可测,连九尾竟然都威胁说不要杀了鸣人，可见九尾也无能为力以鸣人之身打败佐助。
佐助与佐井篇
在第二部中，佐助在和佐井见面时初次登场。他对佐井的出现无动于衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。
几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助说他对九尾说的毫不知情，然后开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人。两个人又回到了现实之中。就在佐助准备使用绝招将众人一举歼灭的时候，大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便于他对鼬的复仇。于是佐助一行三人就消失了。
大蛇丸之死篇
佐助再次出现在一群（100个）被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血都没有被溅到。大蛇丸说即使是号称天才的他在当年也没有如此实力。由于佐助觉得自己已经没有什么可以从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然发起攻击，用查克拉刀攻击大蛇丸。而早有准备的大蛇丸则现出真身“白鳞大蛇”，要夺取佐助的身体。两人在精神空间里进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬相同的惨败，他的精神世界完全被佐助吞并了。
在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到北秘所，说服了有特殊能力的管理员香磷入伙，然后释放了所有的囚徒。佐助最后的一个队友是重吾。此人是咒印的源头，双重性格，咒印爆发时有抑制不住的杀人冲动。佐助、水月和香磷来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人冲动中的重吾正想与水月打起来，很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的高压下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人冲动。之后佐助又谓君麻吕已为他而死，此刻重吾终于知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。为了要见识一下佐助到底有什么能耐可以令到君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而天下大乱。佐助跟“晓”的阿飞、迪达拉开战。迪达拉败阵下来，最后迪达拉为了证明自己的艺术，自行爆炸，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用时空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地,得以保命,而迪达拉则在爆炸中死亡...
本篇
在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务，而“蛇”的成员香磷发现木叶的人在追踪佐助，“蛇”便到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬便指示佐助往宇智波一族的故地，来个了断。途中佐助先到故地南贺的神社大堂，并在那里的秘密集会场所，发现鼬所指的宇智波瞳术‘万花筒写轮眼’的存在目的－－为了能够控制九尾的力量。亦得悉万花筒写轮眼的使用，最终是会招来失明的命运。
两兄弟甫决战，初时佐助似乎占了上风，从鼬背后向其插了一刀;但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟流攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。他从鼬口中得知宇智波一族创始人－－宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起灭了全族。亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬续向佐助说万花筒写轮眼的另一秘密，就是本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从其他族人中夺取同样的眼后而创造有独特力量的‘新双瞳’，而且永不会堕入黑暗的失明世界中。因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作为他的‘备用品’，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运。
佐助知道一切真相后，亦有所行动。虽然佐助巧妙利用飞镖攻击及以蛇身作掩护，但因与鼬间有一段实力差距，受鼬所制肘，并被鼬夺去了左眼。当然，实际上这些都只是鼬以‘月读’所制造出来的幻象，鼬本以为这样便可能使佐助的实体陷入麻痹当中。但想不到的是佐助却有能力破解他的‘月读’，反使鼬左眼受伤。佐助指出瞳术毕竟也只是工具，写轮眼也有可以超越万花筒写轮眼的力量。鼬的幻术失效，又有左眼受伤，故佐助乘胜使出擅长的‘影风车之术’，使鼬身体受创。后再以‘火遁·豪火球之术’攻击鼬，鼬亦以‘火遁豪火球之术’还击，但被佐助压制下来。
此际鼬突然使出高级瞳术‘天照’，黑色的火焰把佐助的火焰吞噬下来，并一度欲把佐助也吞噬掉。佐助于是便巧妙地使出大蛇丸流的变身术，使真身穿入地底当中以避开‘天照’的吞噬;他又清楚鼬使出‘天照’之时是没法进行变身，也深知鼬的体力已到极限，故在地底中进入咒印状态2，并使出‘火遁豪火球之术’之术突击在地上、已受伤的鼬。鼬虽仍能避开，但右手却被烧伤，而之前的战斗亦使鼬满身伤痕，查克拉已用尽。佐助同样也在使出火遁之时已把查克拉耗尽，但为了杀鼬他已早有准备，将要使出最终的极秘忍术对鼬必杀……
391回中，原来佐助是透过火遁术射向天空以制造出雷电，并将巨大的雷电之力集中于手中并引向攻击鼬。这个被佐助名为‘雷遁·麒麟’，一举将鼬所身处的岩石击得粉碎，佐助亦满心以为鼬的死期已到……但意想不到的是鼬却也使出终极防御，防御了佐助的轰击;鼬亦使出了他的终极之术‘须佐之男’，原作防卫的骷髅慢慢化成巨人。就在此际，本来被佐助夺去力量、而隐藏在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际占用其身体，使出‘八歧之术’变化出八歧大蛇。但一如日本神话情况，八歧大蛇先后被‘须佐之男’斩下头颅;而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，被‘须佐之男’的十拳剑(别名酒刈大刀，草剃剑的其中一把，能将所有刺中的东西封印在醉梦的游离世界内)刺中，连同八歧大蛇一起被吸进‘须佐之男’所持的酒瓶内。佐助同样地也克制了大蛇丸的控制而平伏过来。但佐助此时已用尽写轮眼的力量，其写轮眼亦消失。
面对鼬强大的‘须佐之男’之术，佐助又没有写轮眼的力量，唯有不断以引爆符进行攻击;但这却一一被‘须佐’所持的‘八咫镜’抵御过来，鼬更步步迫近。意想不到的是，鼬似乎因使用‘须佐之男’之术而使身体全面崩溃，口吐大量鲜血，在佐助的额头前轻轻按了一下，突然倒下!!鼬躺在佐助旁边的地上，而佐助却一直呆站着。天降大雨，而天照之火仍不熄灭的燃烧…当佐助看见旁边的鼬再也不动后，笑了一笑也接着倒下.
斑找到了佐助,并告诉他宇智波家族与木叶曾经的恩怨,而鼬则竟然是双重间谍,是为了防止战争的爆发而选择亲手灭掉宇智波一族,佐助大为震惊,并决定毁灭木叶.
佐助的小队更名为"鹰"并加入晓,前往雷之国收服八尾人柱力,拥有新的写轮眼的佐助轻易的获得了八尾人柱力的情报,前往云雷峡.在云雷峡,"鹰"遇上了强敌八尾人柱力,千鸟流,千鸟,咒印,斩首大刀相继失效,佐助身中七刀,幸得香磷救治,继续战斗.此时,八尾人柱力望速战速决,使出了绝招"第八",佐助使出日照，八尾受伤，但香磷也被黑火包围。情急之下，佐助双眼万花筒洞开，熄灭了黑火，救回香磷，打败了八尾人住力，将其带走。（实际是八尾的一只触手）。