最初的九卿是：奉常（西汉改称太常，掌宗庙礼仪）、郎中令（西汉改称光禄勋，负责宫廷警卫）、太仆（掌宫廷车马）、卫尉（掌皇宫保卫）、典客（西汉曾更名大行令、大鸿胪，掌少数民族及外交事务）、廷尉（掌司法）、治粟内史（西汉更名大农令、大司农，负责财政税收）、宗正（掌皇族内部事务）、少府（掌山河湖海税收及手工业制造），皆为中二千石的高官。此外，还有与九卿地位相当的中尉（掌京师治安）、将作大匠（掌土木工程）、大长秋（掌皇后的各种事务）等等，他们和九卿合称列卿。列卿官秩虽高，却只是朝廷的事务官，大多还是皇帝的高级私人奴仆，只为皇帝一人服务，不管理国家政务。
此处需要强调的是，列卿第二的光禄勋、第四的卫尉以及第十的中尉，并借此说明秦汉时期是文、武不分逐渐过渡到文、武分班的时代。
始秦朝，终东汉，都没有严格的文、武之分，但却是文武分工的重要过程。光禄勋统率郎官（有官秩）、卫尉统率南军卫士、中尉统率北军卫士，分别负责皇帝与宫殿禁卫、宫门守备、京师警戒与巡查的职务，从里、中、外三层构建军事力量，保卫中央政权。三卿就是中央军队的直接统帅。除了三卿统率常备军外，遇有战事，则选派太尉或九卿中的一人带兵出征。
到了汉武帝时，战事频繁，则开始设立大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军四官职。“将军”之称从这时开始出现。然而，这些将军仍然并非专业军官。他们只有战时掌征伐，领军出征，平时并不带兵；而且，时时担任本该文官处理的职事，类如加上“领、守、平、录、视尚书事”的头衔，则成为了尚书台的实际长官。
此后，杂号将军不断出现。到了东汉末年，天下大乱，杂号将军更如雨后春笋般涌出，成为各路军阀借以使自己合法化的头衔。这时的将军各自握有重兵，才慢慢转变为专业军官。不过，仍有军政合一的影子。而且，这众多将军并没有明确的官秩，都以“同多少石”对比常设官员官秩的方法确认高低。也就是说，这些将军的地位即使与三公九卿或各郡太守等同，却并非写进了法律里的正式官职。直到魏晋时期，实行九品中正制，武官官职被明确地写入职官表，文、武分工才算正式确立。
至于地方官制，秦朝实行郡县制。郡的长官称郡守，另设有都尉、监御史各一人，分管军事与监察。大县的长官称县令，小县的长官称县长。由于这时郡一层行政机构除了郡守外，另有两个与他地位相当的军事长官和监察长官，郡守的权力被有效抑制。
西汉初年实行郡、国并存制。与郡同级的有王国，与县同级的有侯国。诸侯王在封国集所有大权于一身，除了国相（相当于郡守）须由皇帝委任外，其余官吏均可自行任免。到了汉武帝时期，削弱王国，将王国重要官员的任免权收归中央，并且剥夺诸侯王治国的权力，王国相成为了国一级行政机构的实际长官。同时，汉武帝将全国分成十三部州，然而这时的十三州并非一级行政机构，而是监察机构，分派十三刺史巡行所部郡县，监察地方官。刺史官秩仅有六百石，不仅低于郡守（二千石），甚至低于县令（千石）。
到了东汉开国，大刀阔斧地裁减地方官员。西汉时减除了监御史，东汉时又减除了都尉，改郡守为太守，太守就此成为一方军政长官，集军政大权于一身。这就为后来军阀割据局势埋下了伏笔。但使军阀割据出现的另外一个更重要的原因，是州一级行政机构的确立。东汉末年，为了镇压农民起义，刺史实际上得到了军事权和行政权。直到灵帝中平五年（188），刘焉表请将刺史改为“牧”，灵帝准奏，则宣告州作为最高一级行政机构正式确立。州牧的官秩为中二千石，这标志着州长官不仅从实际上，更从法律和地位上超过了太守，成为一方军阀。