经进一步核实李纪周所提供线索的查证情况，发现：1有的线索在李纪周提供之前，已由他人揭发出来；有的案件尚未侦查终结，犯罪嫌疑人不供认，主要证人在逃，又无其他旁证；还有的揭发内容属于违纪——“查证属实”不够准确。2根据最高人民法院司法解释，案件没有侦查终结，还无法衡量被告人刑期，过早认定为“重大经济犯罪线索”不够准确。而采用客观表述，通过法庭审理最终认定更为合适。
因而第11稿将此修改为“李纪周在侦查期间提供了有关案件的线索，使有的案件得以侦破。”
小的修改随手摘出几处，从中可见一斑：
1“被告人李纪周于1993年与香港远华国际有限公司董事长赖昌星（另案处理）相识后多次来往，李纪周利用职权收受赖昌星给予的贿赂款共计人民币519万余元并为其谋取利益：……”——摘自第10稿。
后来方工提出：1句子太长，宣读时语气可能急促，节奏感差，听起来费劲儿，影响开庭效果；2yu音本来就不响亮，第一个分句紧接着两个yu音（“于”和“与”），去掉“于”既不影响文意，又显得简洁；3将“利用职权”由“收受”前移至“为其谋取利益”前，能更准确揭示受贿罪的本质；4“多次交往”在第一个分句中意义不大，适当后移，可突出受贿是在“多次交往”中发生的。将其修改为：
“被告人李纪周1993年与香港远华国际有限公司董事长赖昌星（另案处理）相识，后李纪周在与其多次来往中，收受赖昌星给予的贿赂款共计人民币519万余元，并利用职权为其谋取利益：……”
2“李纪周……在该公司涉嫌走私汽车的粤海333号、粤海335号、英豪1号等货船（其中三次涉案车辆总价值人民币3399万余元）被公安机关查扣之后，无视下级公安机关……”——摘自第9稿。
后来方工提出：这句话容易产生歧义，让人误认为查扣的仅是货船，而查扣时走私的汽车是否在船上并不明确。将其修改为：
“李纪周……在该公司利用粤海333号、粤海335号、英豪1号等货船涉嫌走私汽车（其中三次涉案车辆总价值人民币3399万余元）被公安机关查扣之后，无视下级公安机关……”
3“1997年上半年，李纪周在北京王府饭店附近收受赖昌星给予的港币3万元（折合人民币32万余元）。”——摘自第8稿。
后来方工将其改为：
“1997年上半年，李纪周到北京王府饭店看望赖昌星后，收受赖昌星给予的港币3万元（折合人民币32万余元）。
4“李纪周接受赖昌星请托，利用职务之便，于1997年4月为奥林匹克勇士号货船违法进口32000余吨（估值人民币6000万元）柴油案，给海南省边防部门领导打电话，干预对该案的查处。”——摘自第6稿。
方工将其改为：
“李纪周接受赖昌星请托，利用职务之便，于1997年4月给海南省边防部门领导打电话，干预边防部门对奥林匹克勇士号货船违法进口32000余吨（估值人民币6000万元）柴油一案的查处。”……
2001年1月15日，北京市检察院第一分院以李纪周犯受贿罪向北京市第一中级人民法院正式提起公诉。
为了检验出庭准备工作，查漏补缺，确保出庭效果，专案组自编自导自演了模拟庭审：方工饰旁听者，王忠华饰公诉人，由陈速假扮李纪周，朱兰帮他出注意，王大东从辩护律师的角度，准备了一份尽可能犀利甚至不乏狡诈的辩护词，而王忠华则针对每一个辩护律师可能提出的辩点，进行了详细的答辩，对整个庭审活动进行虚拟预演。陈速与朱兰密切合作，惟妙惟肖的表演，决不亚于当年李纪周模拟江青的刁钻诡辩，另加王大东得理不让、咄咄逼人的‘辩护’，竟几次让王忠华哭笑不得、又气又乐……演完了，问题出来了，大家坐一块儿，你一言、我一语……
2001年2月25日上午9：30，北京市院党组会议室。最高人民检察院副检察长张穹、公诉厅厅长姜伟、市院检察长许海峰、副检察长刘漳南、一分院检察长叶上诗等领导最后一次听取专案组的工作汇报。
叶上诗：“后天就要开庭，高检院和市院领导对我们的工作很关心，来看望大家，也了解一下准备工作。”
方工：“先向各位领导汇报一下我们专案组近期的工作。7日又提讯了李纪周，李纪周……；我们还主动与律师联系，了解了相关情况……这两天准备的材料，主要是进一步完善出庭方案，强调了几个关键的具体问题分工与协作。下面说一下出庭方案……”
王忠华：“我给各位领导汇报答辩意见和几个问题的答辩口径……”
姜伟：“大家的准备很充分。有几个技术性问题，供大家参考。第一，300万港币问题，强调李纪周在构成共犯的同时起了关键作用，要为共同犯罪结果负责；第二，关于‘借’的问题；第三点把时间说上，说清行贿的时间差距、还钱时间；第三，指出李纪周对法律的认识错误；第四，谋利包括成立公司、挂靠、办保税仓等要点。这儿可能有两个辩点：1他说是正常履行职责，我们则指出正常办事不能收人钱；2他说交通协会是其下属，由其主管，他过问是正常的，我们就应指出他过问的环节不正常、程序不合法、不该收受钱财。”
张穹：“大家准备很充分，我没什么意见。开庭时我们尽可能不打断被告人的辩解和律师的辩护，让他们放开说。大家对这次庭审保持足够重视是必要的，还应注意：保持平静心态，无论指控还是答辩，都不急不慌、沉住气。”
许海峰：“答辩时说理讲法到位即可，表述不宜多、不宜长。”