随后代王杨侑便在一众唐军的护卫下移居到了大兴殿，一路上代王杨侑还颇有兴致，让姚思廉看得直摇头。
处理好代王杨侑后，李渊便着手处理自己的私事了，李渊立即命李世民全城捉拿卫文升、阴世师、骨仪及其党羽，凡是参与掘毁李氏宗祠的人一律抄家问罪。
李世民亲自领兵查抄阴府，凡抵抗者一律诛杀，妇孺老幼全部圈至内院听候另处，这时几个士兵扯着一个女子，提着一个五六岁大的孩子丢到李世民面前，那孩子叫着“姐姐”扑在女子怀里，女子也使劲把孩子护在怀里，眼中满是祈求地望着李世民，李世民虽然沉着脸，但眼中却隐隐有一丝复杂的神色。
这女子正是阴世师之女阴绮，那怀中的小孩无疑就是阴世师的幼子。
两人相视良久，李世民终于吐出三个字：“带下去。”
李秀宁见状连忙说道：“慢，二郎，她们还是交给我吧！”
“好，就依三姐。”李世民说道。
于是李秀宁命马三宝将阴绮姐弟二人带了下去安置在了军中。
另一边柴绍领兵查抄卫文升府邸，却见卫府已是满门挂白，原来卫文升早已病死，不过到底是不是病死？历史也不再深究。
随后通过核查，原来卫文升早已病重多时时，数月未曾下床了，掘毁李氏宗祠及率兵据守长安的都是阴世师、骨仪等人，与卫文升没有直接关系，要说有关系，最多是没有阻止而已。如今卫文升已死，李渊为显宽大，对其家族不予追究。
十一月，十一日，李渊在长安城大禅定寺设坛为其历代先祖安魂祈福，重起李氏宗祠祖庙，并改葬李智云，追封为楚国公，谥号为“哀”。独孤怀恩附义有功，授长安令。
同时在长安东市设立法场，由世子李建成亲自监斩，将骨仪等十余人及其宗族，还有死了的阴世师及其宗族男丁一并枭首示众，女眷全部没官，入掖庭为奴。
李建成看着血淋淋的法场，不禁叹了口气：“从此恩怨两清。”
……
这日李建成带好了香竹祭品到李智云墓前祭拜，李建成进入祭殿，恰巧撞见李智云生母万氏。
李建成略带歉意地拱手行礼请安道：“二娘安好。”
万氏没有搭理李建成，李建成也不在意，命人摆好了香竹祭品，便开始祭拜，万氏则一旁冷眼旁观。
李建成祭拜过后，站起身来对万氏大礼一躬道：“二娘节哀，务必珍重身体，五弟泉下有知，也好安心。”
万氏冷冰冰地说道：“贫妾不劳世子挂心，我这孩子命苦，我想多陪陪他，就不送世子了。”
万氏随口下了逐客令，李建成知道万氏还在怪他，也不好久待，只好一拱手道：“此地清冷，二娘也早些回去吧！”见万氏不答话，李建成只好告辞。
李建成走后，万氏一脚踢翻了李建成带来的祭品，吼道：“把这些东西都给我扔了。”
周遭的侍者连忙收起满地的祭品，默默地拿到一旁的山林里埋了。
万氏望着李智云的神位，满眼血丝，咬牙切齿地说道：“孩子，阿娘一定替你报仇雪恨。”
……
十一月，十五日李渊布置好一应事宜，便亲自领着天子仪仗到大兴殿恭迎十三岁的代王杨侑至天兴殿登基称帝，遥尊隋帝杨广为太上皇，大赦天下，改元义宁，其意在举义兵澄宁天下之意。
随后新帝杨侑下诏：特赐唐国公李渊黄钺、持节，任大丞相、尚书令，都督内外诸军事，晋封唐王。于武德殿设丞相府，改教称令，除四时祭祀之外，凡军国事务无论大小一律皆由丞相府处分。
此举无异于明着把新帝杨侑彻底架空了，这天兴殿只是名义上的朝堂，这义宁皇帝也只是个摆设而已，只有丞相府才是真正的朝廷。
李渊设置丞相府官署，以裴寂为相府长史，刘文静为司马，李纲为司录主管选官录用，窦威为司录参军主管礼仪制定。李渊每日在武德殿处理政事，虔化门日日人流不息。
这时形势稳定，李渊要着手处理另一件棘手的事了，前番入城，同来的突厥兵不尊号令在长安城内大肆抢掠，差点激出民变，幸好被李世民及时制止，才没有出大乱子，如今关中平定，这些突厥骑兵留着有害无益了，但这个脓包早晚得挑，但又不能挑得太深，否则必要崩血。
于是李渊专门设宴款待突厥使臣康鞘利，宴席上李渊好言感谢了一番突厥可汗及康鞘利的相助之恩，几杯酒下肚两人相谈甚欢，席间李渊提了一句：“如今关中大定，贵使何时归国复命啊？孤好为贵使送行啊！”
康鞘利早已双眼迷离，恍惚地答了一句：“唐王什么时候兑现承诺，我们就什么时候回。”
“小事，明日我就办理。”
李渊扒着桌子随口说道。
“好，那我们明日就回。”
康鞘利也随口说道。
“来，喝酒，说实话我还真舍不得你们。”
李渊说着一杯还没饮完便醉倒了。
第二日康鞘利从睡梦中醒来，只觉得头脑一阵生疼，不禁念叨了一句：“什么酒啊？劲儿还真大。”
说着，便穿好了衣服，一出营帐只见数百辆大车横亘在前，每辆大车都是大包小包的堆满了，康鞘利正想发问，裴寂上前来说道：“康兄你醒了？”
“这是？”
“哦，这是唐王答应你们可汗的，长安府库中的所有财货，尽在此处，还请康兄接收。”
裴寂又笑着开玩笑道：“说实话，老弟我这一辈子还真没见过这么多财宝，康兄，你们可是不虚此行了！”
康鞘利这才反应过来，李渊这时要过河拆桥赶他们走哇！可他们此行真正的目的却不是为了这些，他们要的是李渊新政府重新签订的真正的臣服盟约，而不是当初那卷与隋朝的兄弟旧盟。
康鞘利迟疑着没有接受，说道：“这，还是等我见了唐王再说吧！”
说着康鞘利便要去见李渊，裴寂一把抓住康鞘利小声说道：“唉！康兄留步，唐王酒醉未醒，还是听老弟我说吧！我劝康兄还是别太贪心，见好就收吧！再多，就是唐王答应，这外面的几十万将士也不会答应，你明白吗？”
康鞘利一听心中虽怒不可遏，但还是忍住了，行了个单手抱胸礼道：“代我谢过唐王，唐王言而有信，这个情我们突厥记下了，我们这就走。”
“唉！康兄，你别急嘛！虽说关中已经平定，但这一路也不太平，你拉着这么多财宝，难免使贼人生心，还是由我们派兵护送你们出关吧！”裴寂说道。
康鞘利忍着一口气没吐出来，硬生生地说道：“那就多谢唐王美意了。”
“唉！康兄你误会了，这不是唐王的意思，这是老弟我安排的，你我患难之交，你要走，老弟我岂能不十里相送啊！”
裴寂一番话，真是差点把康鞘利气得吐出一口老血来，康鞘利强颜欢笑地望着裴寂艰难挤出几个字道：“那就，多、谢、裴、兄了。”
裴寂连忙摆手道：“你我兄弟还说什么谢字，你高兴就好！小弟公务在身，恕不奉陪了。”
说罢裴寂便领着几个僚属走了，裴寂一走康鞘利顿时喷出一口老血来。
不过这时裴寂可不会管他康鞘利是死是活，他还要回去复命呢！
裴寂回到相府复命，李渊听罢点了点头，对裴寂的处理方式他还是满意的。
可裴寂心里却有些大鼓，进言道：“主公，经此一事，突厥必生异心，恐怕会发兵报复。”
“不必担心，本王已增兵北方各处关碍，加强了防备。”李渊胸有成竹地说道。
裴寂一听这才安下心来拱手称颂道：“主公料敌于前，属下佩服。”
康鞘利等人在唐军的“护送”下回到大漠草原，突厥始毕可汗震怒，直到这时他才明白李渊并不是一个甘心受他掌控的人。始毕可汗愤怒地反复念着李渊的名字（突厥语）：“李渊，李渊，我让你知道戏耍伟大的万王之王的下场。”
十一月，二十二日，李渊应众臣之请，封李建成为唐王世子，李世民为秦公，任京兆尹，李元吉为齐公。直到这时李渊才算真正有了一争天下的筹码，然而这真正的风暴才刚刚开始。
……