广明元年(880年)八月，黄巢军击败曹全晟，渡过淮河，淮北相继告急。高骈慑于其威势，坐守扬州(今江苏扬州)，保存实力。各州县望风而降，十月，黄巢攻陷申州(今河南信阳)，入颍州(治今安徽阜阳)、宋州(治今河南商丘)、徐州(治江今苏徐州)、兖州(治今山东兖州)。十一月，黄巢至汝州，十七日攻下东都洛阳，留守刘允章率百官迎接;十多天后从洛阳挥兵西进，仅激战六日，十二月初三，攻下潼关(今陕西潼关东北)，初四攻下华州(治今陕西华县)，后抵霸上。初五(881年1月8日)，唐僖宗带随从宦官田令孜等仓皇逃奔四川成都，田令孜恐僖宗见责，独归咎卢携，贬卢携为太子宾客。卢携仰药死。
中和元年(881年)，黄巢军进入长安，金吾大将军张直方率众迎接黄巢大军进城，'整众而行，不剽财货'，群众达百万军，入城后，军纪严明，闾里晏然，晓谕市人:'黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐。'向贫民散发财物，百姓列席欢迎。广明元年十一月(881年1月16日)，即位于含元殿，建立了大齐政权，年号金统。原朝官员，四品以下留用，余者罢之，以尚让为太尉兼中书令，赵璋为侍中，孟楷、盖洪为尚书左、右仆射，皮日休为翰林学士。不久，其部属'杀人满街，巢不能禁'，唐宗室留长安者几无遗类，唐室官员惶惶不可终日，《秦妇吟》言:'华轩绣毂皆销散，甲第朱门无一半';'内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨'。又没收富家财产，号称'淘物'，宫室皆赤脚而行。
中和二年(882年)，唐军一度攻入长安，黄巢军'贼露宿霸上，调知官军不整，且诸军不相继，引兵还袭之，自诸门分入，大战长安中，宗楚、弘夫死，军士重负不能走，是以甚败，死者什八九。'(《资治通鉴·卷二百五十四》)，这一次黄巢恨城民协助官军，于是纵兵屠杀，血流成河，谓之'洗城'。黄巢未派大军追击唐僖宗，让唐军有喘息机会。
中和二年(882年)，四川的唐僖宗反攻，九月，齐军将领朱温在同州(今陜西大荔)与王重荣交战中，投降唐军，被任命为右金吾大将军，赐名全忠。唐军李克用部一万余人南下，齐军大将赵璋战死，华州、兰田相继失守。黄巢于中和三年四月撤出长安，逃入商山，沿途抛弃黄金珠宝，唐军争宝竟不急追。后以齐将孟楷为先锋，攻逼蔡州(今河南汝南)，唐军守将秦宗权战败投降，六月围攻陈州(今河南淮阳)，遭遇刺史赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城。齐将孟楷挺进河南途中，中俘牺牲。黄巢闻知孟楷遇害，大怒，部队屯于溵水，'掘堑五重，百道攻之'，誓为孟楷报仇。为了应付全军粮食，黄巢以人肉为粮糗，数百巨锤，同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，无论男女老幼，悉数纳入巨舂，称之为'捣磨寨'。，黄巢围陈州几三百日，啖食数十万人。唐军在陈州附近的西华(今天河南境内)大败黄思邺，齐军退军故阳里(今淮阳北部)。陈州之围遂解。黄巢引兵向汴州行进，尚让以五千精锐直逼大梁(今河南开封)。
中和四年(公元884年)春天，李克用率兵五万，自河中南渡，连败齐军于太康、汴河、王满渡。黄巢只好转战山东。同年三月，朱温大败黄巢于王满渡(今河南中牟北)，黄巢的手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降朱温;而黄巢残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘(今河南封丘)，时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，'克用军昼夜驰，粮尽不能得巢，乃还。'，六月十五日，武宁节度使时溥派李师悦率兵万人，与降将尚让紧追其后。是年六月十七日，黄巢入泰山，徐帅时溥遇将张友与尚让之众掩捕之。至狼虎谷，巢将林言斩巢及二弟邺、揆等七人首，并妻子皆送徐州。黄巢死于泰山……九顶山南有大冢，俗称黄巢墓。另据《新唐书·黄巢传》记载，'巢计蹙，谓林言曰:若取吾首献天子，可得富贵，毋为他人利。言，巢甥也，不忍;巢乃自刎。'，又据邵博《河南邵氏闻见后录》记载，'唐史中和四年六月，时溥以黄巢首上行在者，伪也。东西两都父老相传，黄巢实不死，其为尚让所急，陷泰山狼虎谷，乃自髡为僧，得脱，往投河南尹张全义，故巢党也，各不敢识，但作南禅寺以言之。'，陶谷《五代乱离记》也记载到，'黄巢遁免，后祝发为浮屠，有诗云;三十年前草上飞，铁衣著尽著僧衣，天津桥上无人问，独倚危栏看落晖。'
黄巢死后，黄巢从子黄皓率残部流窜，号'浪荡军'。昭宗天复初年，进攻湖南时，为湘阴土豪邓进思所伏杀。至此唐末农民起义结束。
黄巢起义失败后，唐朝又勉强维持了二十三年统治。哀帝天佑四年(907年)宣武节度使朱温受禅，建国号为梁。唐朝灭亡，进入五代十国时期。
《旧唐书·列传第一百五十·黄巢传》载:'贼围陈郡三日，关东仍岁无耕稼，人俄倚墙壁间，贼俘人而食，日杀数千。贼有舂磨砦，为巨碓数百，生纳人于碎之，合骨而食，其流毒若是。
《新唐书·列传第一百五十下》:楷击陈州败死，巢自围之，略邓、许、孟、洛，东入徐、衮数十州。人大饥，倚死城堑，贼俘以食，日数千人，乃办列百巨碓，糜骨皮于臼，并啖之。
《资治通鉴·第二二五卷》'巢益怒，营于州北，立宫室百司，为持久之计。时民间无积聚，贼掠人为粮，生投于碓，并骨食之，号给粮之处曰'舂磨寨'。纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、卞、曹、濮、徐、衮等数十州，咸被其毒。黄巢围陈州几三百日……
这个黄巢吃人的记录有三处，并非孤证，应该是靠谱的--见智见仁吧！咱们各自保留自己的看法；但是，黄巢也干了一件好事--屠戮殆尽了天下的士族。有汉以来，毒害中国的士家大族偃旗息鼓--要知道，就是在辉煌显赫的唐朝皇族面前，士家大族都是趾高气扬的。李家的千金公主，在士家大族面前都要仰人鼻息的。唐朝赫赫有名的武将卢国公程咬金的继室：崔氏，就是出身清河崔氏，为隋朝齐州别驾崔信之长女。”