朴运成在世时，黎秀英组织医学分部专门研究过这次奇疫，发现它会在感染后一旬内发作。所以，如果有人乘船到达科学共和国外海，而且没发病，就说明他们肯定没受到感染。因为航程怎么也要半个月。保险起见，医学分部还在几个外岛建成临时隔离点，把难民关在里面住上几天，确保安全才能入境。黎秀英已经在研究抗生素，但是还没有成品。如果瘟疫入了境，以大会现有的医疗技术仍然无法解决。
在这些隔离岛上，移民官员要给难民介绍今后的生活。他们得不到土地，只能参加外围劳动，而这与他们的教义直接抵触。如果难民实在无法接受，只好礼送出境。这样，差不多有七成难民选择留下来。科学大会给这些人登记，十六岁以下的孩子送进科学预备班，在良好的卫生条件下生活和学习。五十岁以下的成年人统一安排劳动，集中食宿。
这些人的待遇好于战俘，但是并不拥有本地居民的自由，外出都要向科学警察申请。难民入境后与本地人一起劳动。后者优越的收入刺激着他们的心魔，一步步远离真理教义。
苏吉拉纳执政后，综合上述经验，改为主动接受移民。就这样，先是南方大教区，后是巴布亚大教区，吕宋大教区，最后，北面的朝阳大教区都有人投奔。一些人甚至不是为了逃避瘟疫，只是听说魔媒控制区有钱可赚，就乘船过海。
整个大流感期间，共有十多万人从境外踏上本土四岛，科学共和国居民接近一百四十万。特别是移民中有三千名适龄青少年成为科学预备班学生。这股从蒙昧区到启蒙区的移民潮一旦开启，就再也没停止过。
在引进人口的同时，科学共和国也开始出口第一种商品——食盐。当然，他们必须用走私的方式。
自从启蒙区公开后，这片地方在真理教官方文件中就被称为“附魔区”。教会不敢派船封锁对方，只好封锁自己，严禁辖区里任何人与魔媒来往。科学共和国逐渐扩大的工业能力需要外部市场，便计划偷运商品到蒙昧区换钱。选中的商品既要有暴利，能吸引那边的黑帮过来走私，又要便于运输。而且，那些的商贩万一落到稽察队手中，商品还要经得起检查，和当地商品没有明显区别。
考虑来考虑去，科学大会决定走私食盐。在真理教控制区，由于加工方式落后，食盐是贵重商品，一公斤食盐可以换十几到二十公斤粮食。而且品质粗糙，颜色褐黄，还混着沙土和干草叶。科学大会工业化制造的食盐，一公斤价格只相当于三公斤粮食，而且洁白如雪。
于是，埃拉托娜开始领导走私活动，把高级食盐由机帆船送到蒙昧区外海。当地黑帮的走私船会在夜里驶过来，直接用金币换食盐，趁夜偷运上岸，然后渗上杂质，伪装成自产食盐。即使半价出售，也可以得到暴利。
从科学纪元11年底开始，这种生意越做越大，不光相邻的几个大教区，甚至有人将食盐北销到东方大陆。这条路走通后，共和国又开始走私食糖。在这种产品上他们也拥有七比一的价格优势，弟岛上有三万公顷土地种植甜菜，制出的糖除了自用，悉数出口。到了科学纪元12年初，这两样雪白的硬通货给科学共和国带来的财富相当于半年税收，
穆赫塔尔接管情报部门后，蒙昧区情报主管塞缪尔拒绝执行命令。这两年他发展的情报人员有三百多人，现在和他一起失踪。周围几大教区一直由塞缪尔直接负责收集情报，突然成了空白点。无奈，穆赫塔尔只有重新培养情报人员，再派他们从铁坟登陆场潜入蒙昧区。
好在科学大会如今有钱有人，又有技术，半年后，穆赫塔尔就向南方大教区输送了一百名情报人员。各种情报只要送回登陆场，就通过电讯报回总部，初步恢复了对敌侦察系统。
慢慢地，西征的经济条件也逐渐齐备，新船一艘艘下了水。一千年前，科学时代的军舰纯粹消耗财政经费，而这些军民两用船平时载客运货，给大会带来不少收入。四岛经济也被它们串连起来。
到了科学纪元11年底，佩什梅格给大家算了笔账。本土四岛虽然总人数只有一百四十万，经济产值已经超过南方大教区。其实质更不可相提并论，一万吨粮食可能与一千支步枪价格相等，但是打起仗来，只有粮食的一方不可能胜利。而且，经过迷魂案与大流感两场巨灾，南方大教区死亡约二百万人，也是元气大伤，人民困苦不堪，完全能乘虚而入。
在《科学前沿》上，苏吉拉纳更是主动发表文章，号召西征。
“不谋全局，不足以谋一域。只有站在全球启蒙战争高度，才能认清眼前这个战场的价值。拿下南方大教区，我们就彻底掌握战争主动权！四千万人的潜力被科学技术点燃，天下无人还能与这股力量对抗。”
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