一场混战下来，师生们打伤几十名村民，自己也有不少人挂彩。金永真的额头被人砍出一道伤痕，但他一点不觉得痛，还在到处追打村民，直到被几个老师拦腰抱住。
“人的脑子不用来思考，砸开来也不用可惜。”金永真怒不可遏。
无论科学警察还是情报局，他们还没有再生科学的刑侦技术。无法在野外摄影，不懂得如何提取指纹，更谈不上血型对比。他们只能用原始的跟踪、排查和口供寻找骚乱组织者。穆赫塔尔丧妻后，更是拿全部精力抓捕间谍。仅情报局系统就逮捕了三千名嫌疑犯，抓捕过程中击毙一千多人。战友们的死让科学警察和情报人员都红了眼，严刑逼供成为最常见的讯问手段。
穆赫塔尔估计其中有七成会是冤案，但他更相信杨慕真的研究结果。只要镇压对象不超过总人口的千分之五，骚乱就能被克服。整个大骚乱中，近卫军在新启蒙区击毙一万三千人，将近十万人关进矫正营。
局势大乱，各项工程都放慢进度。作为全军统帅，苏吉拉纳下达撤退令，放弃东方大陆上的据点，凭借技术优势退守所有海岛省份。临行前，他们从占领区带走了一万名预备班学生，以及两万名支持科学大会的当地人，以防他们在邪教势力回来后受到迫害。
科学纪元15年初，近卫军已经从大陆上所有据点撤净。这是启蒙战争爆发以来，近卫军第一次撤出占领区。受此鼓舞，护教军和稽察队乘胜追击，想在南洋、巴布亚和加里曼丹三大教区复制同样的成功。然而失去陆地优势，渗透成本变得奇高。十艘偷渡船未必有一艘能够到达目的地。北六省所有学生都已经配枪，弹药下发到学校，由校长保管，随时击退任何针对学校发起的武装袭击。预备学校第25期学生中，有一万人暂不分配到各学部，手持武器投入岛屿省份的警戒战。
针对敌人战斗方式的变化，军械处也在加紧研制各种近战装备。一万顶钢盔和一万套伪装服率先制造出来，送交北六省，散弹枪和喷火器也投入实战。军械处还制造出改进的弩箭，重量比护教军的轻一倍，力量更大，可以连发，近卫军每班中要有一个人配备弩箭，弥补枪械发射导致隐蔽性差的缺陷。
经过几个月剿匪战斗，北六省局势终于稳定下来。大海对面，护教军也重新收复所有失地，开始由军队建筑壁垒。几百万当地人征为民夫，建立起千年未见的厚实城墙。
在《科学与人》杂志上，沈铭贤发表雄文，鼓励战友们不要气馁。“反智主义者和他们历史上的前辈一样敌视科学进步。然而他们逃脱不了这样的命运——捣乱、失败、再捣乱、再失败，直到最后灭亡！”
在这些文字号召下，一批批学生从预备学校里扛枪上了前线，近卫军已经扩充到十万人。他们正在恢复士气，准备反攻东方大陆。但是，苏吉拉纳坚决制止了部下的热情。
“在苏库鲁山战斗之前，我们打了五年顺风仗，其中一个重要原因，就是在敌人阵营里制造有关科学武器的恐惧。现在神话已经破灭，他们能打赢我们的军队，能俘虏我们的人。从今往后，他们会把我们当成凡人来对付。在没有更充分的准备之前，我不想派优秀的科学人去送命。”
苏吉拉纳知道，他一生中最久的朋友已经成了最大的敌人。二十年前，旋风就酷爱阅读《科学魔鬼器物实录》。现在，这颗种子结出了完美的果实。他是邪教系统里最不怕科学的人，他的部下一定也发扬了主帅的长项。
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