要想改变窝阔台的遗命，另立新的汗位继承人，难度还是很大的，拔都就坚决反对。拔都是蒙军西征的主帅，在西征过程中，贵由恃着是皇子，对拔都并不买帐，两人产生了尖锐矛盾。所以，拔都坚决不同意贵由当大汗。
乃马真后为了能让儿子登基，极力拉拢宗室和大臣。窝阔台的次子阔端，率军攻占巴蜀，征服了吐蕃，因而名望甚高。阔端起初反对改变窝阔台的遗命，但经过乃马真后的拉拢，后来采取了中立态度。在乃马真后的努力下，宗王贵族们同意贵由继位的越来越多。
乃马真后对不顺从她的宗室和大臣，则实行严厉打击，处死和囚禁了一些大臣，罢免了一批大臣的职务。乃马真后完全控制了朝廷。
公元1246年秋，乃马真后在摄政五年之后，觉得时机成熟，终于召开了宗王贵族会议。拔都知道乃马真后已经做足了工作，贵由继位不可避免，因而拒绝参加会议，此后大部分时间都居住在他的钦察汗国，很少回来。在乃马真后的控制下，宗王贵族会议果然开得很顺利，改变了窝阔台的遗命，改由贵由为继承人，贵由成了大蒙古国第三任大汗。乃马真后成功了。
乃马真后是蒙古建国以后第一位称制摄政的女性，她在皇族斗争中施展了非凡的才干，不仅成功控制了朝廷，而且按照自己的意愿，把儿子扶上了汗位。乃马真后首开蒙元时代皇后干政的先例，此后皇后指立皇帝的事情屡见不鲜。
乃马真后摄政五年多时间，总体上延续了窝阔台时期的政策，保持了大蒙古国的稳定。但她为了权力，结党营私，排除异已，重用平庸之人，使大蒙古国内部矛盾更加激烈。因此，历史上对乃马真后的评价褒贬不一。
乃马真后费尽心机，刚把儿子扶上汗位，当年就得病死了。没有想到的是，仅仅过了两年，乃马真后辛苦扶立的贵由也死了。乃马真后白白忙活了一场。
乃马真后和贵由死了以后，大蒙古国又陷入了汗位之争，而且越来越激烈。