崇祯皇帝入宫的当天夜里，十分警惕，一夜没有入睡，取来宦官身上的佩剑防身，并且牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中任何食物，只吃自己袖中私藏的麦饼。在几天之内，崇祯皇帝陆续把信王府的侍卫、宦官、宫女调入宫中，安置在自己周围，他才略微放心了一些。
魏忠贤也在观察、提防新皇帝，他像对付朱由校一样，对崇祯嘘寒问暖，曲意奉承。崇祯面露喜色，似乎很受用。魏忠贤又送上美女和珍玩，崇祯皇帝一概笑纳。魏忠贤也有点放心了。
魏忠贤还要试探皇帝的态度，他上了一道《久抱建祠之愧疏》，请求皇帝下诏，取消各地为他建造的生祠。崇祯很聪明，下诏说，已经建好的可以使用，没建的就不要再建了。此诏不温不火，意味深长，既抑止了朝野对魏忠贤的崇拜，又不致于引起魏忠贤的怀疑和恼怒。魏忠贤无话可说，猜不透皇帝的心思。
大臣们自然也在观察、猜测新皇帝，他们很快发现，崇祯皇帝与朱由校大不相同。朱由校很少露面，有事都是通过魏忠贤传旨；而崇祯则亲自上朝处理国政，他虽然年轻，却虑事周全，处事果断，群臣都很佩服。特别重要的是，崇祯皇帝似乎有压制魏忠贤的意思。群臣中反对魏忠贤的仍然大有人在，他们开始跃跃欲试了。
阉党也不是铁板一块，他们之间为了争权夺利，时常狗咬狗。有个叫杨维垣的御史，是山东威海人，进士出身，投靠了魏忠贤，成为魏忠贤的亲信。杨维垣与崔呈秀同属阉党，却有着很深的矛盾。崔呈秀也是进士出身，是魏忠贤的智囊和第一死党。
杨维垣上书弹劾崔呈秀，而美化魏忠贤，说魏忠贤一心为公，委派崔呈秀重任，崔呈秀却不思报国报恩，贪赃枉法，收受巨额贿赂，证据确凿。崇祯皇帝果断下令，免去崔呈秀的兵部尚书，让他回家守制。魏忠贤有苦说不出，他的一条臂膀被砍去了。
驱逐了魏忠贤的“五虎”之首，大臣们明白了，深受鼓舞，他们暂时还不敢针对魏忠贤，便纷纷上书弹劾魏忠贤的亲信死党。崇祯等的就是这个机会，他要先翦除魏忠贤的羽翼。于是，皇帝一面暂时稳住魏忠贤，一面干脆利索地免去一批其亲信的官职。魏忠贤感觉情况不妙，但已经晚了。
崇祯皇帝登基三个月之后，魏忠贤安插在重要岗位上的亲信大部分被清除了，接下来，崇祯就要对魏忠贤下手了。魏忠贤预感到危险，惊恐不安，但毫无办法。
就在这个时候，国子监贡生钱嘉征，上书弹劾魏忠贤十大罪状，说他与皇帝并列、蔑视皇后、搬弄兵权、目无圣人、滥加爵赏、掩盖边功、剥削百姓，但没有提到迫害东林党之事。钱嘉征最后加了一句：“新君登基，国家有希望，我死都不怕了。”
崇祯皇帝立即召来魏忠贤，让太监念钱嘉征的奏章给他听。魏忠贤趴在地上，战战兢兢，汗如雨下，他知道大势已去，请求引疾辞官。崇祯立即批准，命他到凤阳祖陵司香。
魏忠贤迫不得已，只好离开京城，南下凤阳。魏忠贤走了以后，崇祯皇帝立即命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。魏忠贤走到阜城的时候，得到亲信李永贞飞马密报，知道难逃一死，便在南关一家客栈里痛饮到四更，喝得大醉，然后上吊自杀，终年六十岁。
锦衣卫把魏忠贤的尸体带回来，崇祯皇帝下令，将尸体肢解，砍下头颅，悬挂示众。崇祯命人斩杀魏忠贤和客氏的家人，鞭死客氏于浣衣局，没收其家产。百姓奔走相告，拍手称快。
魏忠贤死了不久，崇祯皇帝组织专门人员，对阉党进行彻底清算，共涉及二百五十八人，分别定罪处置。王体乾、霍维华等一批阉党被革职罢官，许显纯、田尔耕、李永贞等人被处死。崔呈秀自缢而死，被戮尸。杨维垣本应定罪，因弹劾崔呈秀将功补过，被贬到淮安府任职。后来，清军攻打江南的时候，杨维垣全家死节，表现还不错。
就这样，一个十六岁的少年皇帝，一举粉碎了庞大的阉党集团，表现出崇祯皇帝的机智和果敢作风。
与此同时，崇祯皇帝为东林六君子和被冤死的人平反昭雪，追赠官职，并大量起用东林党人。在崇祯前期，东林党人又扬眉吐气了。
崇祯皇帝年轻有为，励精图治，一心振兴明朝。可是，大明王朝已经千疮百孔，病入膏肓，崇祯皇帝能够挽救明朝灭亡的命运吗？