万历皇帝听了，也吃了一惊，立即命令刑部长官陆梦龙亲自审讯，务必弄清全部案情。陆梦龙使用了酷刑，逼得张差说出了两个太监的名字，分别叫庞保、刘成。两人是郑贵妃宫中的太监，但地位很低，只是负责维修宫殿，干些粗活。张差还招供说，他是通过舅舅马三道，才认识了庞保和刘成。
陆梦龙立即逮捕了马三道、庞保、刘成，可三人却矢口否认，任凭如何严刑拷打，决不改口，并大呼冤枉。
此案涉及到郑贵妃宫中的太监，事情闹大了。许多人怀疑，这是郑贵妃在背后指使的；也有人心存疑问，郑贵妃即便想谋害太子，也不会用这么笨拙的办法啊。
郑贵妃惶恐不安，带着儿子向皇帝哭诉，指天赌咒发誓，说决没有参与此事。万历自然相信郑贵妃，更不忍心处罚她，可舆论哗然，如何收场，他也左右为难。
万历给郑贵妃支了一招，说：“群情激怒，朕不便解脱，你去求太子吧。”郑贵妃只好又去向太子哭诉，表明心迹。
太子朱常洛却很大度，说：“这事只要张差一人承担，便可结案。请刑部抓紧办理，不要再牵连其他人了。”
万历皇帝见儿子如此通情达理，喜笑颜开，立即准奏，按太子的意见办。于是，张差被公开处决，庞保、刘成二人被秘密处死，马三道被流放。一场惊天大案，就这样稀里糊涂地不了了之了。
梃击案是明末三大疑案之一，究竟真相如何，千百年来人们议论纷纷，难有定论。主要有两种观点，一种认为是郑贵妃主使的；另一种认为是太子朱常洛自导自演的苦肉计。
郑贵妃确实有谋害太子的动机，如果朱常洛死了，她的儿子朱常洵就可以名正言顺地继承皇位了。可是，太子府人员众多，在大白天，派一人持一根木棍去杀太子，岂不荒唐可笑？郑贵妃能有这么傻吗？再说，两个太监并不是她的心腹，如此机密大事，郑贵妃会委托给他俩吗？人们对此存有疑问。
太子朱常洛也有陷害郑贵妃的动机，而且在此案中受益最大。梃击案一出，舆论汹汹，郑贵妃饱受攻击，此后再也没人敢提更换太子之事了，朱常洛的太子地位得到了巩固。可是，如果朱常洛自导苦肉计，也存在着巨大风险，在刑部大刑之下，谁敢保证不会泄露了机密，那太子之位还能保住吗？朱常洛有必要冒此风险吗？人们对此也心存疑问。
依笔者看来，梃击案或许并不复杂，可能就是一个疯汉所为。张差在重刑之下，胡乱咬上了其他人。梃击案也许就是这么简单。
梃击案发生不久，大明朝又发生了红丸案，同样也引发了轩然大波。