叛军肆虐的这一年多时间里，占领区里面的平民基本都已经被清空。章泽天估计，由于叛军作乱直接或间接死亡的可能有近百万人甚至更多，原本人烟比较稠密的山东半岛北部已经基本成为一片千里无鸡鸣的不毛之地。
当然这些人并不是都死掉了，更多的人还是逃亡到了其他地区。光是互助会的控制区内，就先后接收到了150万以上的难民。
互助会动用了自己的全部运力，将其中的20万人运到了海外，主要还是集中在济州岛上。依章泽天的意思，这些移民的大部分最终将被运到北方的几处基地和台南地区，只是目前受限于运力不足，只能让他们暂时在济州岛上安身了。
现在从登州城里接收到的这些平民之后，问了他们的意见。这些人多数都已经一无所有，即使回乡也没有办法活下去，多数都愿意听从互助会的安排。
那些女子更是没有地方可去，而且多数人都希望能够离开这片让她们伤心的土地，最后也被互助会送到了海外。
孙元化被叛军抓住之后，一直被软禁在巡抚衙门的一个院子里面，倒是没有受到什么虐待，忠于他的十几个亲兵家丁之中，除了在叛乱当天被杀了几个之外，包括孙文起在内的九个人也都被软禁在一起。叛军投降了之后，他们被耿仲明移交给了自卫队。
当这些人被送到即墨的时候，章泽天亲自到铁路车站迎接了他们。
孙元化穿着一身青布襕衫，打扮得就像一个乡村老儒，见到章泽天之后惟有拱手无言。
章泽天问起他今后的打算时，孙元化也不知如何是好。此番兵变，他作为叛军的主官，责任无可推卸，如果回到京城的话，肯定会被朝廷问罪，后果难以预料。
按照文朝的惯例，遇到乱兵、叛军、外敌入侵等事件时，地方官不允许逃跑，也不允许出现被俘之类的事件，能够做的只有当场战死或者自杀，否则便会因为“失土”的罪名受到处罚，最轻也会是罢职为民。
在这次事件之中，叛乱的都是孙元化自己手下的兵，他这个主管领导在任何朝代也无法置身事外。他是天主教徒，按照教规不能自杀，便加重了他的罪责，回到京城之后若能够只得一个斩首的处置，都算是好运了。
对于孙元化在这件事里面的责任问题，章泽天不想管。他只是可惜孙元化在数学和自然科学中的本领。这人本来可以成为一个优秀的科学家的，结果阴差阳错地做了一个官员，一个将军，还要为此承担责任，这不是浪费人才吗？
正是因此，章泽天对孙元化郑重地提出了邀请：“孙先生，不如你就留在我们这里吧。在这里，你可以放心地进行你喜欢的数学或其他学问的研究，也不用担心朝廷的追究，而且你的家人在松江老家也不会受到影响，如何？”
孙元化犹豫了很久，无奈道：“我相信你能做到这一点，但我毕竟是大文的官员，却不能背叛朝廷。在孔有德兵变之事上，我的做法虽然不会被朝廷认可，但我自己问心无愧。如果你为我而反，却有违我忠于大文的本心了。”
章泽天道：“我们互助会也是忠于朝廷的啊，我们同样会为保卫大文不惜此身，却不会任由朝堂上那些贪腐官僚为我们打造的愚忠的镣铐所束缚。你明白我的意思吗？我们也许会在某些时候反抗官府的一些做法，但绝对不会举起造反的旗帜，我们始终会是大文朝的子民。”
听到章泽天不会选择的承诺，孙元化思虑再三，最终还是决定留在青岛，没有回京城去送死，有活着的机会，总比就这样没有什么意义地死掉强。