孔有德在决定造反之后已经在第一时间派人联络登州军中的辽人起事，同时派出小股精锐突袭沿途驿站，杀人夺马，阻止他们造反的消息向登州方向传播，避免孙元化得知消息后有所准备。
叛军快马东进，青州被他们成功突袭破城，成为叛军攻陷的第一座城池。只是叛军并未在青州久留，将城内物资掠夺一空后便弃城而走。
就在青州被攻破之后，孔有德叛乱的消息终于传向山东其他州县，等叛军来到潍县的时候，潍县县城已经戒备森严。
冯闯县令在潍县声望极高，仅仅两天时间，就将城外较大的村寨人员物资都撤入县城之中，并由手持长枪的民壮上城值守。教谕龚其贤受章泽天影响，平时教授学生队列刺枪和弓箭之术，此时城上的弓箭手竟然不弱于边境强军。
叛军见潍县城墙较低，连续攻城两天，在城外丢下遍地尸首，竟然连一次都没有攻到城上，只好放弃潍县，扑向莱州。
就在叛军围攻潍县不成的时候，登州新军主将耿仲明已经接到孔有德传信，在孙元化召集众将议事时发动兵变，将一众将官一网打尽。
孙元化平时对这些辽东军还是不错，他看中这些人有面对女真人的实战经验，对他们一直比较信重，平时的饷银待遇也不差，所以被擒之后并未受到苛待，只是被关在巡抚衙门的一座小院之中，由叛军在四周看守。孙家原本负责照顾孙元化的那些婢仆仍旧被派过来照顾他，饮食等事也未受限制，只是不让他随便见人而已。
孙元化在东三府的威望够高，因此以耿仲明为首的叛军将领在他被抓之后轮番前来劝降，想要让他做叛军的首领，都被孙元化一一拒绝了。
至于同时被抓的山东本地将领就没有那么好运了。这些人平时对辽东兵之间的积怨很深，被抓之后当天就被一一拉出来杀掉泄愤。
只一天时间，登州叛军就完全控制了登州城，城内水军三千余人，火器新军不到两千人都掌握在耿仲明手中。同时，城内尚有山东兵三千多人，由于将官被杀，群龙无首之下被全部缴械，由辽东将领张焘带一千新军押送着去进攻附近州县，黄县、龙口望风而降。
叛军则继续西进，与孔有德率领的西路叛军同时抵达莱州城下。
那莱州知府王念祖已经提前得知辽东兵叛乱之事，他无他法可想只是趁叛军围困潍县的时候收拢周边乡民和粮草物资，打造守城器具，等叛军兵锋到来时闭门死守。
王念祖本指望叛军久攻不下便会像在潍县时那样放弃攻城，只是没想到东西两路叛军会师之后，便将莱州城围得像铁桶也似，每天逼迫山东兵和抓捕来的附近百姓不断攻城。这一番攻城战一下子便持续了近两个月时间。