方以智一生正当明清交替之际，时局动荡，政权更迭。使得他个人的际遇也十分坎坷。一生可分三个时期。早期从青年时代到三十三岁，由于仰仗祖上的余荫，尚能过着“衣纨縠，饰驺骑，鸣笳叠吹，闲雅甚都”的富贵文人的生活。
此段时间方以智载书泛游江淮、吴越间，遍访藏书大家，博览群书，四处交游，结识学友。在他的学友中有西洋传教士毕方济与汤若望，并阅西洋之书，从他们那里，方以智学习了解了西方近代自然科学，从而更加开阔了视野，丰富了学识。
方以智酷爱自然科学知识，自幼塾中诵读之余，即好穷物理，曾谓“不肖以智，有穷理极物之僻。”（《物理小识》卷五）明清之季，西学东渐，方以智一面秉承家教，以《易》学传世，一面又广泛接触传教士，学习西学。经过孜孜不倦的努力，他终于在哲学和科学两方面都取得了很大成就，达到了相当的高度。
方以智一生著述很多，计有一百余种。其中最为流行的是《通雅》和《物理小识》，前者是综合性的名词汇编书，后者是一部笔记，他的科学见解主要集中在这部书中。他的后期代表作是《药地炮庄》和《东西均》，均为哲学著作，书中提出了一些很重要的哲学命题。他的著作中另外比较重要的还有《浮山文集》、《博依集》、《易余》、《一贯问答》、《切韵源流》、《流寓草》、《周易图象几表》、《性故》、《学易纲宗》、《诸子燔痏》、《四韵定本》、《内经经络》、《医学会通》等。
通过这段文字介绍大家可以看到他的研究范围较广，他主张中西合璧，儒、释、道三教归一。一生著述400余万言，内容广博，文、史、哲、地、医药、物理，无所不包。
但这有什么用呢？仍然没有改变他十分坎坷的个人际遇，所以，朱慈烺决定改变他的今生，让他本人既有钱、又有权，更有良好的研究环境和主要的研究方向，并且能搞出一些实物出来变现。让方家也能享受到大明第一次工业革命带来的红利。
方以智是安庆府桐城县凤仪里人（今属安徽桐城市），出身士大夫家庭。方氏是桐城地区这一时期主要的世族。这么大的家族，肯定会有些存蓄，可以拿来投资，而朱慈烺也可以通过参股，为内帑带来更多的钱财，在金钱方面，他是不太相信太监的，只有通过契约约束，通过利益捆绑，才能影响更多人，促进大明的第一次工业革命及早发生。
方以智考虑了良久后站起身，来到朱慈烺面前恭敬地行了一礼后道，“臣愚顿，请陛下指点。”
“好吧，谁让你是三弟的老师呢，朕不照顾你，照顾谁？朕建议你专研机床，把大明现有工匠们发明制造的各种初级机床，搬到铁制床身上，这是第一步，第二步是在你实现第一步的基础上，招集更多的能工巧匠以及第一批格物进士们，研究改善，充分扩大蒸汽机动力的应用范围，提高产量。你可愿意？”
“臣十分乐意听从陛下安排。”
“好，朕任命你为皇家南京军械研究院院长，授皇家科学院院士、从五品工部员外郎。暂时先在蒸汽机工厂办公，我会给你们在宝船厂那边先圈上一片篱笆院子、再盖几座三层楼房，作为你南京军械研究院的校园，以后我们的格物进士，也与普通进士一样举行科举。”
这是臣第一次晋见陛下啊，这就升官了？虽然是不大的官，但也不小了，即使通过一辈子奋斗，到老也不知道能否坐到这样的官位上，今天这一趟晋见陛下太值了。“臣谢主隆恩，臣愿为大明效死！”
好嘛，又成功忽悠瘸了一位愿意为大明效死的忠臣，而且还是一位大科学家，值，这个从五品给得值！