清朝末年，面对“革命排满”的呼声和日渐壮大的革命势力以及越来越加重的民族危机，统治者开始意识到民族隔离政策的危险。为了使人口占少数的旗人在以后的排满革命中不被清算和遭种族灭绝，清政府开始考虑放弃旗人血统，主动把旗人血统融入到汉族中来。
1901年12月，掌握清廷政权的慈禧太后发布懿旨下令废除“满汉不通婚”的祖制，实行满汉通婚，其目的是使旗人尽快融入进汉族，以避免未来汉族革命成功后被清算的命运。1902年2月清政府选派旗人子弟出洋游学，再次宣布准许了满汉通婚的政策。这一时期一直到以后，满汉融合的现象极为普遍，这也是满族血统中汉族血统超过半数的原因。
太平天国时期，天王洪秀全“严种族之辩”，命令凡是太平军占领的地方，所有旗人一律格杀勿论。所以在太平天国攻占过的地方，所有旗人全部遭到灭绝！仅有记载的八旗军籍的旗兵，就有超过20多万被杀。这就是今天中国南方汉民族比较具有民族意识，后来的反清的起义也都是从南方发起的原因。1853年3月8日，太平军包围南京，仅7日，攻下了南京城。城内自江宁将军祥厚以下的旗人男女老幼大约有4万多人，统统被杀，一个不剩。1860年5月15日，李秀成自统数万太平军东征苏常地区。仅仅用了一个多月时间，除上海之外，苏南所有地区尽为太平军攻克，所以旗人，全部被屠。1861年12月29日，李秀成率领太平军，第二次攻克杭州，直下满城，冲进满城的将士将旗兵全部砍光，共杀死旗人驻杭州的1万名旗兵，将军瑞昌自杀太平天国失败后，清廷重新调集旗人进驻南方各传统据点驻军。这些驻防的旗人在后来的辛亥革命中，大部分也没逃出被屠杀的噩运！1911年，以“驱逐鞑虏、恢复中华”为纲领的辛亥革命爆发，旋即湖南、陕西、江西、山西、云南、贵州、浙江、江苏、广西、安徽、四川以及福建、广东等省先后宣布脱离清政府而独立。
独立后各省分别发生了规模不等的革命排满事件，以示和清廷彻底决裂。辛亥首义的武昌城是排满屠杀最先开始的地方，一位当时在武昌的外国传教士描述了当时的屠杀情形：街上躺着近万具旗人男女的尸体，死的很惨，其中800多具单独放在一扇大门外。西安、荆州、杭州、广州、南京等地都发生过大规模民族报复行动，逾十万旗人被残杀，所以当时的旗人一般都说自己是汉人，改了姓氏，换了服装和发饰，缘由藉此。
由于《扬州十日记》、《嘉定三屠纪略》、《猛回头》、《警世钟》等引发民族仇恨和民族色彩强烈的读物是革命党人必看的书，所以辛亥革命中革命军报复旗人的事件也就不足为奇了。而此时的旗人早已丧失了血性，成为任人宰割的羔羊。辛亥革命中屠杀旗人规模最大的要数发生在陕西省西安的排满流血事件，当时清廷驻防在西安的两万多名旗人及其家眷不分男女老幼全部被屠杀。在太原，旗人居住的防地城门洞开，蜂拥而至的革命人士把来不及逃跑的旗人全部屠杀殆尽。在福州、杭州、南京、苏州、江阴、广州、宁波、成都、洛阳还有其他一些城市，都有旗人被大规模屠杀的记载。“当时杭州、河南等地，革命人士把砍下的旗人人头扔进井筒子里
（本章未完，请翻页），一个一个的井筒子，填得满满的……”（《李提摩太在华回忆录》）。
湖北荆州一直以来都是规模较大的旗兵驻防兵营，是满清控制中国的重兵所在地之一。1911年10月18日晚，唐牺支宣布起义并光复宜昌。为减轻清军对武昌的压力，巩固长江上游地区，唐于1911年11月19日兵分四路直逼荆州，战至25日，革命军先后夺取八岭山、万城堤、秘师桥、梅槐桥等外围阵地，进逼荆州城，对清军形成包围之势，并切断清匪军物资弹药供应。革命军对荆州百姓的布告中说：“尚望我父老释此疑团，处以镇定，坐看我部指日破城。破城之日，誓当扫尽腥秽，与我父老共登望江亭痛饮一觞，以泄我黄帝子孙二百余年之积愤，我父老其拭目俟之。”7日，湖南西路安抚王正雅、安襄郧荆招讨使季雨霖来援，革命军军威更盛。一举发动总攻将满城攻破，10日，清军八旗左副都统恒龄自尽，13日，清八旗将军连魁被迫投降，因为其曾杀害革命党人和无辜汉民，革命军立即将其斩首，弃尸于马河，1911年12月16日，革命军唐牺支所部占领荆州城，将驻防荆州满城2万5千名旗人杀得只剩三四千人。
广州旗人迫于革命军武力，主动向革命军投降，并宣布和清政府脱离，后人叫“和平易帜”。他们放下武器、脱掉军装、走出八旗军营。但是这些旗人依旧没有逃脱被屠杀的命运，由于满清政府两百多年实施的民族压迫政策在民间积怨太深，辛亥革命后的一段时间里，虽然政府一再制止屠杀无辜旗人，但这部分投降的旗人仍有大部分被杀害。所剩的纷纷逃离营地，到广东的乡下隐名埋姓、改称汉族。由于丧失了朝廷供给的生存来源，这部分旗人最后又不得不沦为乞丐或娼妓以度日，当时广州近郊的城镇，盛行的“旗人妓*女”即源自于此。当时被国人称为满洲第一才子的端午桥也在四川资洲被革命军处死。清光绪年间广州八旗有3万多人，到辛亥革命时期已经只剩1500人了这就是如今这些过去曾驻过两百多年八旗兵的地方已经见不到几个旗人的原因——全被杀光了！
辛亥革命时期，由于革命势力各自为政，没有统一的政令和指挥，在南京临时政府成立和政令统一前的这段权力真空阶段，各地革命军和民间反清组织在“驱逐鞑虏、恢复中华”的革命浪潮中，全国性的排满屠杀一直在持续，后来才在中央政府的一再强力制止下停止。