东汉时设置尚书台，统领百官政事，长官称尚书令。但是此时的尚书台在体制上仍然属于少府序列，官品低微，所以另派大将军大司马太傅以录尚书事的名义秉政。
东汉末设侍中寺，为皇帝的侍从顾问机构。置侍中散骑常侍等官，多以卓有学识的士人充任，为一时清选。
三国曹操自任丞相，移原隶少府的尚书吏部曹选部曹等尚书诸曹为丞相属官，将汉武帝建立的内朝转为外朝官署，这是尚书省建立的开端。按：东汉时虽有尚书台已经成为处理政务的主要机关，但毕竟是隶属于内廷的官署，不能说是国家的正式政务机关。
曹丕以尚书诸曹权力过大，遂以曹操设立的专门处理机密文书的秘书省为基础另设中书省，掌管机要，起草和发布诏令。置中书监令各一人，以中书监为长官。
南北朝时侍中散骑常侍的权力逐渐扩大。北朝则政出门下，成为中央政治机构的重心。晋代，正式有门下省的建制。
隋朝建立后，将北周仿照周礼设立的官爵制度废除，设立了以三省六部制为主体的中央官僚体系。隋设尚书门下内史秘书内侍五省，秘书省类似于后来的馆阁，内侍省则是一个专门的宦官机构，主持中央政权的就是尚书门下内史三省。三省互相牵制，共同向皇帝负责。其中，决策者为内史高官官称内史令；审议者是门下高官官称纳言；处理日常政务的机构是尚书省置尚书令左右仆射各一人，下设吏礼兵度支（后改称民部）都官（后改称刑部）工六部。隋朝，三高官官均为相职，同时，三公三师也参预朝政，也是宰相。
唐代三省制的特点是在建立不久就向二省一省转变。这种变化的动因在于皇权对于相权的控制以及提高行政效率。首先为了控制相权，皇帝逐渐使用一些资历较轻的官员参为“同中书门下二品”，因为尚书仆射是职事官从二品。
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