因为他明白，水师左都督的位子，皇上是留给郑成功的。
过去他在郑家当兵，凭借着自己的能力，逐渐成长起来，可以说，郑家是促使他成长的沃土。
当他与叔父施福独领一军之后，叔父完全放权，基本上就是顶了个名，军内大小事务都是他在负责。
他打了不少胜仗，野心也渐渐大了起来，对现状也开始不满起来，他觉得自己完全有能力担任重要职位。所以，对于郑家父子的命令开始阳奉阴违，甚至公然对抗。之后才发生了曾德事件，才有了郑家父子对他的打压。
未降永历之前，他的水师在郑家庞大的力量面前是非常弱小的。而降了永历之后，败了郑芝龙，并了林察，他的力量已经非常宠大，拥有大小战船上千艘。而且，在夺了郑家设在泉州的船厂之后，他又奉命建造万料大船，现在差不多快造成一艘了。
而且，漳州之战以后，他秉承皇上整军的旨意，效仿禁军治军之法，对水师进行了严格训练，淘汰了一些海盗式的士兵，旧军队的习气也已经完全消除。可以说，他现在拥兵十万，虽然兵力比整军之前减少了，但全是精兵悍将。
他现在感觉自己就是大海之王，自信自己的水师可以纵横大海之上，无人可以匹敌。
只不过，他内心还有一丝隐忧，那就是郑成功。
如果郑成功真的降了，而位置又在自己之上，加之与郑家的恩怨，郑成功一定会夺了自己的位子，牢牢压制住他。
郑成功是有这个能力的。
所以，他并不希望郑成功归降，甚至希望郑成功降清，或者主动来攻击自己，那样，就有正大光明的理由彻底消灭他了。
然而皇上好像并没有剿灭郑成功的意思，只是让自己加强对他的监视。他明白，皇上是在等，等郑成功自己觉悟。
郑芝龙被杀之后，施琅才明白，皇上只所以愿意等，就是算准了清廷会拿郑芝龙当替罪羊，郑芝龙被杀，郑成功还会再等吗？
所以，闻听此讯之后，施琅不喜反忧，他很怕郑成功为报父仇而归降。
可令他欣喜的是，郑成功竟然还没有归降的意思，后来又接到圣旨，令他派人跟郑成功接洽，旨意上说，如果郑成功仍然不降，就干掉他。
这个旨意让他欣喜若狂。
所以，他把弟弟施肇序派去金门而不是委派他人，比如陈仲武，因为肇序明白他的心意。
施肇序并没有像施琅奏折上说的“苦劝”，而更像是只为了完成任务敷衍了事。
施肇序回来后，施琅二话不说，就开始准备对郑成功用兵，不过为了慎重起见，他还是听从了陈仲武的建议，给皇上上了一份奏折。
奏折发出之后，又过了五天时间，见已经准备就绪，施琅立即召集众将，开始分派任务：“陈将军，肇琏、肇序，你们三人各领本部人马分别从北、东、西三面包围金门，本督自领大军堵住南面海面，待完成包围后，听本督号令同时发起攻击。若有逃出一船一人，本督定军法从事！”
……