《妖僧传》的故事背景设定在唐朝末年乱世之时。玄嚣本是唐朝末代流落民间的皇子，从小被远山寺主持抚养长大。
玄嚣十六岁那年，在后山救了负伤的小狐狸。
主持一心想让玄嚣忘记自己的身世，只想让他在佛前诵经念佛平安度过一生。
但生逢乱世，尤其是个人所能左右。
玄嚣终于还是知道了自己身世，身负血海深仇，面对的敌人又如此强大，他佛心有所动摇。
主持见他如此，只得令他下山历练，见识人间疾苦，寻求到底什么是佛。
玄嚣带着小狐狸下山了。
他见到了统治者的残暴和罔顾人伦，见多了饿死的老人和小孩，盗匪横生、草菅人命，人间失序。
初时他还尽自己全力去帮助自己遇到的病人、老人和小孩，但没过多久，他便发现，他一个人的力量是多么渺小。
他甚至不禁怀疑，真的存在佛吗？佛又是什么？
如果存在佛，为什么那些残暴贪婪的人可以掌握国之权柄，享尽人间荣华富贵？而那些无辜的稚子，为何食不果腹、衣不蔽体，活生生被饿死冻死？作奸犯科之人吃着大鱼大肉，本本分分的百姓却被欺压，几乎快活不下去？
他认为压根就没有佛，佛只是欺骗那些无能为力的人，让他们逆来顺受，忍受所有不公平的遭遇，寄希望于来生。即使有佛，也在于人自己，如果信什么，靠自己的行为和努力，实现自己所想要的结果。
这样的认识并没有让他得到解脱，因为他从小被主持养大、在佛前诵经念佛，佛一直存在他的心中。但现在他却要把自己的心剖开，把佛剜出去。
这时，远山寺传来主持圆寂的消息。
主持不知道自己爱徒已经变了，临死前将主持的位置传给了玄嚣。
此时玄嚣也不过二十岁出头。
远山寺作为中原第一大寺庙，一直香火鼎盛，信男信女众多。即使朝代更迭，但每朝每代皇帝笃信佛教的传统没有改变，不管真信还是假信，虔诚还是不虔诚。
所以即使身处乱世，远山寺也一直地位超然，没有断过传承。
玄嚣成为远山寺主持后，利用远山寺的影响力，明着广做善事，普施善过，广开善堂和学塾，救济老人和小孩，一时远山寺善名远播。
同时又不断以宣讲佛法为契机，在善男善女中间传播他的想法，煽动他们反抗朝廷残暴的统治。
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