重新召集起来的一千村勇都是有实战经验的，所以对他们的基础训练并不用太长的时间，经过一个月左右的训练后刘卓阳直接将他们分散到各队之中，直接变成了职业军人。
现在张彪依然统领是三百人的骑兵队，不同的是现在已经有了战马，成了真正的骑兵；王二虎的虎卫队扩充到八百人，方久成统领八百，而剩余一百则由李纲从所有军队中挑选出精壮之士，训练为刘卓阳的亲兵卫队。
而光是对军队进行重新编制还无法增强军队的战斗能力，刘卓阳的手下什么人都有，打起仗来只能勉强用最简单的阵行队列进攻和防御，行军之中也是一片的混乱，各队的号令也是杂乱无章，进攻起来一阵的乱冲，说到底只是比土匪和没有训练的私兵还有临时招募的壮丁要强上一些，真要碰到专业的大队官兵，刘卓阳实在不敢想象。
因此刘卓阳接下去马上又对军队的号令进行重新编制。这个时代可没有什么电话、无线电、卫星通信，指挥军队除了各传令兵喊话之外，靠的就是金鼓旗幡。鸣金就是战斗胜利，结束收兵；擂鼓就是进攻的号令；旗幡则是指挥军队行动的工具，没有了这些东西，军队指挥就是一片混乱，到最后所有人马只能是各自为战，因此刘卓阳下了大力气来统一号令。
每一百人队就有自己的一面旗帜，每一个士兵都必须认清自己所在队伍的旗帜。只要看到本百人队的旗帜竖立，就要马上收拾自己的装备听候命令。如果旗帜向左动就是要立即向左前进，向右挥动就要向右前进，向前挥动就要向前前进，向后挥动就要向撤退。而如果旗帜被收了起来，所有人就要停下来听从命令，如果大旗没有竖立，那就是天崩裂也不许擅自移动。
除了各百人队的旗帜之外，先锋部队将设有五色军旗，一般只允许举一面旗。五色旗的主要作用为：行军途中遇到树林，就把青色的军旗高举；遇到沼泽，就把黑色的军旗高举；遇到其他军队，就把白旗高举；遇到山势险要的方，就把黄旗高举；遇到烟火，就把红旗高举。一旦走过，就要把相应的军旗收起来。
如果道路只可以行军一列，就举一面旗帜；如果可以行军两列，就举两面旗帜；可行军三列，就举三面旗帜；可行军四列，就举四面旗帜；拔营行军的时候，就举五面旗帜，后面的部队依次传递。
而如果前面的哨兵发现敌人，形势危急，就挥动红旗；形势不是很危急，就挥动黄旗；敌人人数众多，就挥动青旗；人数不多，就挥动白旗；前方无路可行，就挥动黑旗。前面的士兵挥动军旗，后面的就要跟着依次挥动。如果敌人没有来进攻，就停止摇动军旗。绝对不允许遇见敌人，挥动军旗之后，不论敌人是否进攻就一窝蜂后撤，否则军法严惩。同样如何胡乱竖立和挥舞军旗，同样要军法严惩。
统一了号令，那么接下来就是军法，刘卓阳现在根本就没有一个成文的军纪，不过刘卓阳也是幸运的，因为手下人各自出身的不同，都互相监视着不敢乱来，所以扰民的事情发生得极少，而刘卓阳也一再要求不许屠杀俘虏，看着无数的敌人自动扔掉了手中的兵器，乖乖在那里投降，尝到甜头的手下人也渐渐习惯了不屠杀俘虏，可刘卓阳知道，如此自觉的事情并不会维持太久，一定要有完善正规的军纪才可以。
“在没有我的命令和主帅的命令随意砍伐百姓树木，糟蹋百姓田产，烧毁百姓房屋，偷盗财物者，初归还百姓财物，赔偿百姓损失之外，还要根据情节大小进行惩罚，最少十军棍，最高则为一百军棍！”
“在没有我的命令和主帅的命令之下，杀戮百姓，奸淫妇女，杀戮俘虏和侮俘虏的妇女者，杀无赦！军队中严禁出现割取阵亡将士之首级，妄杀无辜百姓冒充敌人首级之事，违者杀无赦！”