谁都不知道在宇宙形端之前发生过什么，那时可能早就有了一个上帝，也可能没有。所以，霍金曾经表示过，上帝存在的可能性是一半一半的。为此他受到了教皇的表扬。
1802年，自然神学的领袖人物佩利(williampaley)出版了《自然神学》一书。这本书描写了大量生物体的复杂结构，并指出了这些结构对自然的适应性。佩利这样做的目的当然是为了证明上帝的仁慈与睿智，而不是为了提出进化论。不过这本书确实对达尔文的研究提供了某种线索。
佩利在书中明确而详细地表述了“钟表匠理论”。他说：“钟表无疑是经认真设计然后精心加工而成的，而这种设计和加工的现象，在大自然中也有，并且，大自然的设计性远远比钟表要精密得多复杂得多，超出了一切人为的计算。”
由这一论述，我们也清楚地认识了“设计论”。
“设计论”属于机械论哲学范畴。机械论用机械的观点看待一切事物，认为人不过是一架精美的复杂机器而已，这种复杂与精美性绝不是偶然的产物，而应该是设计的结果。这一理论在任何时候都具有迷人的外表，比如谈到地球，他们就认为带有明显的设计的痕迹，经典的一条就是：地球的重力即不太大，也不太小；太大则水分易结成冰，太小则水分挥发为汽，都不适合人类的生存需要。喜爱游泳的人都知道，人体的密度与水差不多，所以在水中可以自由漂浮而不致淹死。在“设计论”看来，这又是一则精妙的设计的结果。
自然神学的设计论也面临着一些困局，虽然并不是有人故意挑刺，但自然神学的智者们也会考虑到这一点，并需要提供某些辩解。如果说狮子的尖牙利爪是设计出来捕捉猎物的话，那么对于猎物，比如一只温顺可爱的羚羊而言，上帝是不是太残忍了点？
设计论者当然不能这么看待上帝。他们认为，一些经受生命折磨的老弱病残的猎物在狮子的利爪之下迅速结束生命，其实也是一种仁慈，痛快地死亡总比活着受罪要好点吧。
可问题是有些猎物明明是正当壮年，一点也没有老弱病残的样子，狮子为什么还要捕杀它们大快朵颐呢？这时，设计论者给出了一个有意思的解释，因为这种解释表露出了某种自然选择的思想苗头。他们辩称：无处不在的杀戮行为是为了保持自然界的生物平衡，不能让某一物种任意繁衍，那样会打破整个自然的和谐。这其实体现的是上帝的一种大慈悲。
如果这种辩解成功的话，那么，为什么又要设计出如跳蚤和蛔虫这样的烦人的生物来呢？这些东西看起来似乎对人类没有任何好处，上帝这样搞，难道也体现了什么仁慈之心吗？
设计论者对此不好意思再说这也是出于仁慈的考虑，他们只好说这是出于惩罚的目的。有的人太坏，需要用一些刑罚来加以惩治，寄生虫就是为了完成这一任务而设计的。
难道连好人也要惩治吗？
不是这个意思，上帝的惩罚是针对人类的“原罪”，而非现世的显罪。